“毒豆芽”事件一经出现，随即引起社会的广泛关注。几乎同一时间，法律界、学界和业界掀起了“无根水”安全性、添加“无根水”制发豆芽是否构成犯罪以及“毒豆芽”案件适用法律等问题的大讨论。
2015年3月，中国法学会食品安全法治研究中心梳理203份“无根豆芽”判决后作出分析报告称，“无根豆芽中检测出6-苄基腺嘌呤和（或者）4-氯苯氧乙酸钠+《刑法》第144条、‘两高’解释第9条和（或者）第20条=生产、销售有毒、有害食品罪”的逻辑推理是不成立的。
最高人民法院刑二庭的一位副庭长曾谈到对“无根豆芽”案的观点称：“一般情形下，此类案件不适用刑法第144条按生产、销售有毒、有害食品罪处理。……各地法院不宜援引两高《关于办理危害食品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》第20条的规定，直接将6-苄基腺嘌呤等物质认定为有毒有害的非食品原料。理由是：不能在‘有关部门公告禁止使用的物质’和‘有毒有害物质’之间简单地画等号。”
对“毒豆芽”事件的争议核心，逐渐从“让不让用”的管理问题转到“是否有毒”的科学问题上。
多地获罪芽农从取保候审到无罪改判
2015年4月，福建芽农全尚根因添加“无根水”制发豆芽一审被判有期徒刑10年零6个月，在二审期间被法院同意取保候审。同时，山东、广东等地的多位获罪的芽农取保，“毒豆芽”案件相继出现松动。
当时有地方法院传出消息称，收到“两高”的通知“叫停豆芽案”。这被外界视为“毒豆芽”案的司法纠偏已经开始，这同时也是司法的重大进步。
2015年6月16日，辽宁省葫芦岛市连山区人民法院二审对因“毒豆芽”案获罪芽农郭某、和鲁某改判无罪。
葫芦岛市连山区法院下达的无罪判决称，“无根水”的“安全性尚不清楚，故二被告人行为应属情节显著轻微危害不大，不认为是犯罪。故对公诉机关指控二被告人的罪名，本院不予采纳。”
福建芽农全尚根的辩护律师在接受采访时表示：“这种情况下（连山区法院对“毒豆芽”案改判无罪）其他法院再认定6-苄基腺嘌呤属有毒有害物质就非常牵强。”
申诉被驳回或被告知“不予受理”
015年7月，樊建强、郭彦学等人开始向麦积区法院提出申诉，上述有关“毒豆芽”系列案件取保或改判的案例，正是樊建强等人申诉书的重要内容。
同年11月18日，麦积区法院以“原审认定事实清楚，证据充分，适用法律及定罪量刑均无不当”，驳回樊建强等人的申诉请求。
樊建强对麦积区法院驳回申诉请求的理由表示不同意。
他告诉上游新闻记者，目前对“无根水”添加剂是否有毒尚未有定论，因此将其用于制发豆芽是否构成“生产有毒有害食品罪”就难以成立，更不用说他们监管主体的责任。其次，樊建强等人“监管不力”造成的后果，尚未达到《刑法》中有关玩忽职守罪——国家机关工作人员的行为“致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失”的判定标准。
因此，樊建强等人指麦积区法院在对该案作出判决时，“适用法律错误”。
在麦积区法院申诉未获满意的答复后，樊建强等人于2015年12月向天水市中院提起申诉。
但樊建强向天水中院申诉也接连碰壁。樊建强说天水中院于2016年1月受理后转入刑二庭负责处理，但一直不予回复。2016年10月27日，天水中院通过电话回复称“接上级法院的口头通知，（对）这个案子‘不受理、不接待、不答复’”。
2016年11月12日下午，上游新闻记者致电天水中院刑二庭，一名工作人员回应称，天水中院“没有审理、没有受理”该起案件，樊建强等人“也没有上诉”。
樊建强否认了该工作人员的说法，称自己早在2015年11月27日就向天水中院提交过《刑事申诉书》，只是对方“一直在拖”。
“天水市、麦积区两级法院没资格判定‘无根水’是否有毒就做出判决，在这基础上对我们的案件适用法律错误，现在向他们提供申诉材料和证明还不受理。”樊建强对上游新闻-重庆晨报记者表示，案件对其工作生活和精神产生很大的负面影响，自己从主任科员降职至副主任科员，收入也受到影响。
目前樊建强和郭彦学等人要求撤销对其的刑事判决，并改判他们无罪。
