《证券市场周刊》在2010年报道称，当时一份资料显示，初步估算山西煤炭资源整合需要动用资金5000亿元。其中支付补偿款项约2000亿元，煤矿整改复产所需资金约3000亿元。而这些仅仅是初步估算，在整个煤改过程中的实际的投资估计远不止这些，也正是因为这些投资为后来企业巨额负债买下了隐患。
记者翻阅同煤集团2009年的财报发现，同煤集团拟将山西安顺煤矿等100座地方中小煤矿整合为38座。截至2009年末，同煤集团就已支付兼并重组款项20.1亿元，而这些还均未涉及到收购的小煤矿升级改造的投资。
上述山西从事能源开发咨询工作的人士称，很多整合过来的小煤矿因生产条件差等原因无法直接投产，需要进行升级改造，这个投资更是巨大。其称，一般这个升级改造的过程需要一、两年，每个矿的改造成本少则千万多则上亿。
不仅如此，更有甚者，个别矿在改造完成后才发现产量和质量低，开采价值小，后直接就没有运营。晋煤集团的内部人士告诉记者，2009年左右的煤改时，晋煤集团大概整合了四十多个小煤矿，但现在仅有5个煤矿改造投运了。
正因为上述多种原因，很多大型煤企并不想收购一些小煤矿。上述在山西从事能源开发咨询工作的人士称，其实那一轮的煤改很多都是政府强行“拉郎配”，大型煤企不买也得买，而小煤矿不卖也得卖。
据早前媒体的调查报道，山西省多个市、县对整合主体与被整合企业的协议签订时间和资产评估等工作进行规定，并且采用了一些行政干预等措施。在签订协议、主体进入阶段，主要领导亲自坐镇指挥，指定地点，召集各方洽谈，限定时限完成任务，对不能按时完成目标任务的，启动问责制进行问责。
2009年左右的煤改就在这种“强迫”手段下完成了。但很不巧的是，在山西大肆煤改之际，煤炭行业还处于巅峰状态。但在有些小煤矿升级改造结束甚至改造之中，煤价已开始走入下行通道，这也使很多煤矿被迫投资改造后却难以收回投资，甚至难以投产。当然，后来煤炭行业这种巨变，可能是煤改前并未料到的。
而在如今这轮煤炭去产能的过程中，很多当时整合改造服务期限还未到的煤矿被迫关闭了。比如，阳煤集团的元堡煤矿就已在2015年关闭。元堡垒年产能达500万吨，是2009年煤改时才进行整合的煤矿。据2009年5月的公开报道，元堡煤矿整合前年产能15万吨，整合后年产能300万吨，可采储量2.28亿吨，服务年限预计在54年左右。
被迫出局的煤老板们现在看来是“因祸得福”
对于大型煤企来说，有些小煤矿他们并不情愿收购；而对彼时的小煤矿来说，2009年左右正处于煤价高位，他们也并不愿被收购。但他们也只有两个选择，要么是按照规定投资进行升级改造，要么是被大型煤企收购改造后再生产。在这种情况下，一般小煤矿因为资金的问题，多数会采取第二种方案。但是，即便是被迫接受了第二种方案，很多小煤矿的经营者们也没有得到应有的补偿。
2009年9月28日，山西省下发《关于煤矿企业兼并重组资源价款处置办法》，规定兼并重组的主体企业应向被兼并者退还资源价款，并按原价款标准的50%给予经济补偿。上述山西业内分析人士也表示，按照估算，这个标准远低于市场的评估价格。
其实在山西，彼时民间资本主要流向还是煤炭产业。而山西煤改这种看似有些“一刀切”的整合模式，直接将大批煤老板推向悬崖边缘，使得部分民间资本不可避免地撤出煤炭产业。有人估计，这部分资本超过千亿元。那时候受伤最严重的，莫过于浙商投资群体。据浙江方面相关人士估计，浙江大约有500亿民营资本“深陷其中”，损失严重。
