疑点三：5天消失的笔录去了哪里？
卷宗材料显示，聂树斌于1994年9月23日被警方抓获，然而，第一份关于聂树斌的审讯笔录出自5天之后的28日，这5天审讯的笔录为什么没有入卷？又究竟去了哪里？
办案单位代表阐述理由时说，在办案实践中，犯罪嫌疑人到案后很少有立即如实供述犯罪事实的，或一言不发，或胡编乱造，抗拒审讯。办案民警必须对嫌疑人供述情况的真伪，结合外围调查取证进行核实。
李树亭律师接着表示，还有聂开始供认强奸杀人，但当时具体情节没讲清。为什么案发现场情况要侦查人员和聂树斌核对？又是哪些具体情节没讲清需要核对？另外，据聂母张某某女士亲述，聂树斌的一审辩护人张某某曾经对聂母张某某说：他与聂树斌第一次见面时，聂树斌一直哭。张某某问聂树斌：“第一次你为什么不承认（强奸杀人）？”聂树斌没吭声。张某某接着又问：“为什么你第二次承认了？”聂树斌说：“打哩！”再次，证人纪某某证实聂树斌遭受了刑讯逼供，且《讯问笔录》是公安人员写好后让聂树斌签字的。
原办案单位代表指出，自2005年复查工作开展以来，始终没找到此阶段其他讯问笔录材料。
疑点四：是否存在刑讯逼供？
申诉方发表意见时认为：消失的笔录可以想象当时或存在刑讯逼供，而且聂案中许多证据是通过刑讯逼供的非法手段取得，依法不具备法律效力。
原办案单位代表表示，聂树斌母亲一直申诉坚持称“听张某某说第一次没供，是因为打他才供的。”前面已经讲了律师张某某对这一点是否认的，刚才已经展示了律师张某某的调查笔录。
经过必要核实，我们发现纪某某的证言与本案其他证据明显不符，其所述内容不实。
聂树斌、纪某某分押于不同监室。纪某某证其一直在105室，管教干警是杨某某。此情节经过核实，得到杨某某的证实。省检察院调查组2005年提取的石家庄市看守所原始记录显示，聂树斌1994年10月1日入所，1995年4月27日离所被执行死刑，一直在102监室。管教干警是白某某。白某某也证实聂树斌在102室羁押情况。这说明，二人没有挨着睡，更不可能经常聊天。
原办案单位代表指出：2005年3月，河北省检察院组成调查组，对聂案是否存在刑讯逼供问题进行调查。调查组围绕聂案的侦查、批捕、起诉、审判等诉讼环节进行了大量调查工作，询问了聂案辩护律师、聂母、看守所管教干警、办案人员等多人。得出的结论是：未发现有关办案人员存在刑讯逼供的问题。
