5月5日，水位消落至160米以下的三峡水库。 新华社发（郑家裕 摄）
陆生生态：库区消落带已成为一个难以解决的问题
库区消落带对景观造成严重的视角污染，对河岸的稳定性也造成威胁。三峡库区是水土流失严重区，山高、坡陡、耕地缺乏，退耕还林已实施多年，但在三峡库区还存在大量大于25度以上的坡耕地。
景观：峡区雄伟奇特的美感降低
例如，对小三峡、夔门等的影响就很大。有人认为，三峡山高1000-2000多米，水库才抬升100米左右，不会影响峡区景观。这种观点是不对的。因为感受高峡雄伟的最佳位置是在船上，能见的范围是两岸山体。相对高度只有几百米，水库蓄水以后急流变缓流，雄、奇、伟的感觉就大为逊色。
地质灾害：全库区发生新老滑坡变形 、坍塌
175米试验以来，全库区发生新老滑坡变形200余起，塌岸百余处，不稳定库岸30公里，涌浪开始出现。库区22个区县地质灾害隐患点9324处，修建前为5512处，2003年蓄水后新增3812处。
文物被淹没
三峡库区是巴楚文化中心，拥有中国最古老的人类化石地点--巫山龙骨坡遗址、巴国王陵--涪陵小田溪墓群，巴东旧县坪遗址（宋代）、涪陵白鹤楼、大溪新石器时代遗址等。对他们的历史和价值来不及系统研究和深度挖掘、评价就被淹沒，一批无价之宝丧失，实是可惜。
流域水资源分配矛盾增加（鄱阳湖、洞庭湖）
三峡工程之后，各地、各部门对水资源的争夺加剧，湖北省要调长江水去汉江，江西省要在鄱阳湖建闸，洞庭湖也另有一翻打算。加上长江上游无数的水电站的建设，未来长江将不可能是一条健康的河流。
