5月4日，船舶从三峡五级船闸上游开进船闸准备下行。 新华社发（郑家裕 摄）
三峡工程环境影响的后果
三峡工程环境影响已有许多资料和研究成果，我只做简要介绍：
长江珍稀、濒危物种面临灭绝
库区是青、草、鲢、鳙四大家鱼的天然产卵场之一，原有11个产卵场，以忠县产卵场最大，蓄水后被破坏。白甲鱼、中华倒刺口、岩原鲤在渔获物种比例减少。三峡库区分布41种鱼类，其中2/5是长江上游特有鱼类。受到极大的危害。铜鱼资源因不适应静水生态，资源明显下降。白鳍豚几乎灭绝，白鲟、中华鲟、达氏鲟、江豚、胭脂鱼等也受到极大的冲击。
库区水污染加重
城镇岸边污染带、港口、河湾、坝前、支流（如香溪河等）、底泥（汞污染）等污染更突岀。库区分布有重庆长寿化工园区、万州盐化工基地、涪陵化工基地（天然气）、兴山化工总厂（黄磷、工业磷酸、二聚磷酸钠）对库区水质构成巨大威胁；调查的23条支流中，半数以上出现水华，这是河流变成湖泊型水库之后富营养化的表现。三峡库区水质改善与库区产业发展将长期面临着难以克服的矛盾。
坝下冲刷，对坝下河岸安全构成威胁
荆江南岸塌岸明显增加，部分河段冲刷量为建库前10倍。三峡工程的第一个要务就是防洪，但是我认为清水对于坝下江岸（特别是在河曲江段）冲刷，恰恰跟这样一个功能是相反的。所以这个问题在论证时虽被提及，但沒有引起足够的重视。
河口：土地减少、海岸冲刷、海水倒灌、渔场受损
对上海影响：有利有用的少了，没有了（泥沙、水量、优质水体）；有害有毒的多了，出现了（水污染物、盐碱化、海水倒灌）。
十年前我就提出这个观点：将来最大的受害者就是上海。就是说，对上海有利的没有了。例如，泥沙对于上海是一个很重要的资源，过去平均每年要伸出四十米，现在没有了。对上海有害的现在增加了。例如，长江污染、海水倒灌、海岸冲刷等将加剧，对于长江口和东海渔业生态系统也将造成不利影响。
我个人的观点是，未来要非常重视上海在长江流域整体开发之后带来的负面影响，特别要考虑到极端气候变化的影响。我们在考虑三峡工程的防洪时，考虑到十年一遇，五十年一遇，百年一遇，乃至千年一遇。对于上海的不利影响也应该考虑到十年一遇，五十年一遇，百年一遇的极端情况的发生。例如，干旱年、加上冬季三峡和上游水库蓄水，加上南水北调调水，长江流域工农业用水和生活用水，加之海平面上升和碰到大潮，这些极端情况遭遇在一起的后果。
