第一是建设标准不统一。比如，不同地区、不同企业采用不同的标准和技术手段，自建追溯系统相对容易实现，而不同主体间的数据互联与共享，困难大得多。
第二是公信平台缺失。药械信息追溯体系建设涉及上至生产经营企业进、销、存数据，下至医疗机构甚至患者健康信息，具有公益性、公共性和安全性，建立完整追溯体系尚缺乏一个权威的、具有公共服务职能的第三方平台。
建设成本高统筹难度大
国务院办公厅关于进一步改革完善药品生产流通使用政策的若干意见（国办发〔2017〕13号）提出：健全药品价格监测体系，启动建立药品出厂价格信息可追溯机制，建立统一的跨部门价格信息平台，做好与药品集中采购平台（公共资源交易平台）、医保支付审核平台的互联互通，加强与有关税务数据的共享。
全国政协委员、副市长屈谦。
这一平台的建设，在屈谦看来，还存在着建设成本高、统筹难度大的问题。
