永乐大钟在万寿寺悬挂后，因有传言说城西钟声会带来灾难，明熹宗降旨拆除钟楼，“卧钟于地”。直到清军进入北京，有人论证说“大钟属金、北方属水、金水相生”，雍正皇帝决定将此钟移至京北风水宝地觉生寺。1743年移钟工程完成，乾隆题匾“华严觉海”，大钟至今悬挂在上圆下方的两层钟楼，觉生寺也因此称为大钟寺。
万寿寺被乾隆定为给皇太后祝寿的庆典场所，曾三次在寺中为其母祝寿，故先后两次进行大规模修葺扩建。光绪初年毁于火灾成为菜圃，光绪二十年重修万寿寺为行宫，为庆贺慈禧六十大寿进行了第三次重修。慈禧来往颐和园时会在万寿寺拈香礼佛，在西跨院行宫吃茶点，清廷皇族也常常在此驻足休息，故有“万寿寺为小宁寿宫”之称。
万寿寺在上个世纪20年代开始荒芜，1934年，在万寿寺内开办东北难民子弟学校，并曾成为军队驻地。1979年公布为北京市文物保护单位，1987年8月辟为北京艺术博物馆，收藏新石器时代、战国、秦汉、明清和现代的各类艺术珍品。1994年4月，万寿寺以修葺一新的寺庙建筑对社会开放，千年古寺再现青春芳华。
