作为国内自动化领域的领军人物，褚健在浙江大学的20余年间，承担了多项国家自然科学基金等项目和课题。1997—2012年间，他曾多次获得国家科学技术进步奖、国家技术发明奖等奖项。2013年7月1日，中国工程院发布公告，各学部经过候选人材料审阅、专业组评审、全学部评审和投票等程序，从560位有效候选人中产生了进入第二轮评审的候选人173位，褚健位列其中。
2013年10月30日，原本是褚健参加中国工程院院士正式候选人答辩的日子，不过他错过了这个重要时刻。因为，在十几天前的10月18日，浙江省人民检察院以涉嫌贪污罪对褚健立案侦查，次日以涉嫌行贿罪对其补充立案；第二天，褚健被采取刑事拘留强制措施，11月5日被逮捕。
据新华社2015年报道，褚健被捕之后，中控集团也出现了危机。
2014年，中控集团的离职率高达20%。时任国务院参事石定环忧虑道：中国控制系统领域的自主产业正面临着“全军覆没”的危险。2014年4月，多名专家联名致信国家安全委员会，递交了一份“紧急报告”：如果中控集团国内最为领先的自动化控制技术及信息安全技术研发受影响而延缓，“后果不可想象”。
2017年1月16日，浙江省湖州市中级人民法院一审公开审理并当庭宣判，褚健犯贪污罪判处有期徒刑三年，并处罚金人民币40万元；犯故意销毁会计凭证、会计账簿罪判处有期徒刑一年，并处罚金人民币10万元，决定执行有期徒刑三年三个月（这也意味着褚健于2017年1月18日，即宣判2天后获释），并处罚金人民币50万元；对褚健贪污所得财物予以追缴。
法院审理查明：
1999年至2002年，褚健利用担任浙江大学工业自动化工程研究中心副主任，浙江浙大海纳中控自动化有限公司（现更名为“浙江浙大中控信息技术有限公司”，为中控集团子公司）董事、总经理等职务便利，侵吞、骗取公款共计人民币238.1803万元；
2012年下半年，褚健指使他人销毁浙江中控软件有限公司、杭州浙大中控自动化公司（均为中控集团控股公司）、浙江大学工业自动化工程研究中心等相关公司单位的会计账册，情节严重。
据21世纪经济报道此前报道，一审宣判后第三天，即2017年1月18日，褚健刑满被释放。同年1月19日，褚健回到了其创办的浙江浙大中控信息技术有限公司。
