5月12日，绿能宝在回应质疑的“答问”中表示，目前国家补贴滞后的最主要原因是因为可再生能源发展基金的资金缺口。国家发改委、能源局、财政部等相关部门正在从增加收入和减少支出两方面梳理此问题。
在光伏补贴存在巨额缺口时，收益本就不高的光伏电站势必拖累绿能宝的资金流。5月9日，绿能宝在官网公布了几大逾期项目，其中电站就占了绝大多数。
绿能宝开始通过法律手段追讨EPC（工程设计、采购、施工总承包）及线下项目。据5月9日公告，回款总额3.9亿元，已进入司法诉讼程序。此外，线上平台承租人逾期未支付的正常租金、正常售后回租的到期及逾期项目，合计金额3085万元。逾期项目融资总额4.3亿元。
以绿能宝列举的第一个正在追讨的EPC及线下项目为例，其是内蒙古晶兆莱光伏电力有限公司持有的乌兰察布凉城项目，涉及应收账款1.4亿元。
6月9日，新京报记者致电内蒙古晶兆莱光伏电力有限公司，当被问及绿能宝追讨债务时，相关工作人员在电话中称，项目的股东已经变更。“这个电站我们集团最近才把它收购过来，对于之前这些情况我们不了解。”
在资金紧张之时，母公司SPI的情况也不佳。
据官方介绍，SPI是一家全球光伏电站开发运营商，从事于公用事业级太阳能光伏电站的开发和维护，业务遍及项目开发，到项目融资，再到建成后的资产管理。2015年1月，SPI上市首日遭遇“破发”。2017年4月，SPI跌破一美元生死线，5月22日触碰历史最低点0.28美元，截至5月9日，SPI报1.19美元。
SPI的业绩也不尽如人意，2015年净利润为-1.85亿美元，创历年亏损新高。目前，SPI尚未发布2016年年报。
在自我资金紧张、母公司支持力度减弱的同时，外部投资人选择与绿能宝划清界限。以往被绿能宝宣称为其股东的史玉柱近期澄清，并非绿能宝股东。
“为啥有一批人在我微博里闹着要我替SPI还债？”史玉柱喊冤，自己从未参加过SPI股东会、董事会、管理经营会，也未参加过他们的公开和内部任何活动，更没公开说过相关SPI和绿能宝的一句话。
6月9日，就遭遇兑付危机的投资者反映向警方报案一事，新京报记者致电苏州永安桥派出所经侦大队，相关人士表示目前正在针对绿能宝事件进行调查。“现在说不准何时调查结果能出来，涉及的东西比较多”。当记者追问是否立案时，对方表示，还没立案，如果有犯罪事实再立案。
