其中，中华医学科技奖是否属于科研成果的国家级奖励，成为争议的焦点。
澎湃新闻从西南医科大学网站获取了一份发布于2013年12月的《泸州医学院科研业绩量化计分办法（试行）》（以下简称《试行办法》），该《试行办法》在“科研成果级别认定”部分详细列举了“国家级奖”、“省部级奖”以及“市级奖励”。其中，“国家级奖”包括“国家自然科学奖”、“国家技术发明奖”和“国家科学技术进步奖”。
而由中华医学会制定的《中华医学科技奖奖励条例》则规定：“中华医学科技奖由中华医学会确认并颁发证书、奖金”，“中华医学会从获得中华医学科技奖项目中，择优推荐国家科学技术奖”。
根据现行《国家科学技术奖励条例》规定，国家科学技术奖由国务院设立，包括了“国家最高科学技术奖”“国家自然科学奖”“国家技术发明奖”“国家科学技术进步奖”以及“中华人民共和国国际科学技术合作奖”。
因而，原华西医科大学校友质疑称，“获得中华医学科技奖仅意味着获得中华医学会择优推荐国家科学技术奖的优先权而已，并且其颁奖机构为社会组织中华医学会，不属于国家级奖励。”
澎湃新闻记者近日曾就中华医学科技奖是否属于国家级奖励一事，致电现任西南医科大学党委书记廖斌，但对方在得知澎湃新闻记者身份后，便以“正在开会，随后联系”为由挂断电话，此后再无法取得联系。
泸医申报更名程序被指违反规定
此外，泸州医学院申报更名的程序也被原华西医科大学校友质疑存在申请早于论证的情况。
上述《规定》明确说明：“凡经过论证，确需设置普通本科学校的，按学校隶属关系，由省、自治区、直辖市人民政府或国务院有关部门向教育部提出申请，并附交论证报告及拟设学校的章程。国务院有关部门申请设立普通本科学校的，还应当附交学校所在地的省、自治区、直辖市人民政府的意见书。”
根据教育部回复赵某时提供的附件资料显示，四川省教育厅提交的《关于泸州医学院更名为四川医科大学的论证报告》落款时间为2014年10月30日，而四川省政府致教育部的《关于泸州医学院更名为四川医科大学的函（川府函[2014]192号）》落款时间却为半个月前的2014年10月15日。
原华西医科大学校友认为，在四川省教育厅完成对泸州医学院更名的设置条件及标准是否可行的论证前，四川省政府给教育部的报告已经打好，与先“经过论证”，再一并提交“申请”“论证报告”和“章程”的申报程序不符。
澎湃新闻记者就上述原华西医科大学校友反馈的问题询问了四川省教育厅办公室副主任王运芳，她表示，“泸州医学院更名都是按程序办事”，并且“教育部已经向对方做出了回应”。
原华西医科大学校友状告教育部涉嫌行政不作为
原华西医科大学1995届校友刘某称，他于2015年10月将上述质疑以举报函的形式向教育部反映，称泸州医学院不符合升格为大学的条件，希望教育部对此进行自我监督检查。但教育部在法定期限60日内未对该举报作出答复。
依照最高人民法院关于执行《中华人民共和国行政诉讼法》若干问题的解释（法释〔2000〕8号）第三十九条“公民、法人或者其他组织申请行政机关履行法定职责，行政机关在接到申请之日起60日内不履行的，公民、法人或者其他组织向人民法院提起诉讼，人民法院应当依法受理”之规定，刘某向人民法院提起诉讼。
