福康安军队抵藏后，迅速投入到对廓尔喀侵略军的战事之中。清军以突袭辅以抛掷火弹柴草、挖地道爆破等战术，于三月的拍甲岭一战大破敌军，其后顺利收复聂拉木。
五月，福康安军队一路所向披靡，在进剿济咙的战役中，不断用大炮轰击敌军堡垒，结合悬梯登寨等战法，历经一番苦战，取得杀敌600余名，俘虏200余名的战果。至此，清军完全收复被占领的领土。
同年七月，根据乾隆所颁除非攻占廓尔喀国都阳布（今加德满都），否则不准接受其乞降的谕旨，福康安率领大军由济咙攻入廓尔喀境内。
大军沿路攀险山石崖，过独木偏桥，穿密林深谷，在极端恶劣的气候条件下，日夜兼程，长途奔袭，六战六捷，歼敌4000余人。
八月，清军距廓尔喀国都阳布仅20里。
廓尔喀王拉特纳巴都尔惶恐之际，匆忙向孟加拉英国东印度公司请求武力支援，却遭到了否决。走投无路之下，巴都尔派人不断乞降，释放多名俘虏，退还了所有抢去的扎什伦布寺的财物与班禅所属金册。
本欲犁庭扫穴的乾隆帝担心进入冬季大雪封山，全体将士后果不堪设想，遂指示福康安允纳廓尔喀乞降禀帖及恭词请罪，令其签写“永不犯藏”之甘结，并定期纳贡。廓尔喀王接受了全部条件，另又派人赴京呈进贡品多种。
九月，福康安率大军凯旋班师。
四、回响
第二次廓尔喀之役的胜利，保障了此后西藏地区50年的和平发展的机会。它在维护国家主权与统一的同时，也使得清廷意识到西藏地方各项事宜的废弛与诸多弊端，因此也促成了此后著名的《钦定藏内善后章程》的颁布，使得中央对西藏地区的治理进入了新的历史阶段。
第二次廓尔喀之役的爆发，也可以说是第一次廓尔喀之役的延续。由于信息传递的失真与延后，以及清廷的妥协退让，最终不仅没能给双方带来真正的和平，却反而助长了对方的野心，为更大、更全面的侵略埋下了祸根。
