最终，第一次廓尔喀战争的烽火平息了，但是却埋下了一个更大的隐患。清廷认为廓尔喀是畏惧乞降，廓尔喀人则认为清廷是纳银赎地。双方都认为自己是这一次战争的胜利者，而廓尔喀人的扩张野心，却永远不可能得到满足。
三、反击
乾隆五十五年（1790年），廓尔喀派人讨取“赎地”的三百个元宝遭到拒绝。
次年（1791年）七月，廓尔喀以“爽约”为由再次挑起战争，大规模入侵西藏。
短短十几天之内，廓尔喀先后占领聂拉木、定日、萨迦、济咙等地方，七世班禅的驻地，藏传佛教圣地、后藏的政治宗教中心扎什伦布寺惨遭洗劫。七世班禅被驻藏大臣慌忙移往拉萨，幸免被俘。
整个后藏地区，遍地狼烟。
八月，依惯例在承德避暑的乾隆帝得到前线急报，得知廓尔喀竟然再次越境攻藏，并在沿途大肆劫掠。同样得知消息的前驻藏大臣，正服侍乾隆左右的巴忠，自知罪责难逃，遂畏罪自杀。
盛怒之下，乾隆总结上一次廓尔喀战役的经验教训，决意调集重兵赴藏，以图永杜边衅，以绝后患。
驻藏大臣保泰、雅满泰，四川总督鄂辉、成德先后因怯懦不为、贻误战机被革职查办。十一月，清廷任命当朝第一名将福康安为大将军，率1.7万余大军，分三路进藏讨伐。
福康安深知乾隆对此次战事的关切，慨然领命，轻装简从，决定火速入藏。
当时的入藏路线主要有两条，一是由北京经四川到拉萨，约13000里。二是由北京经青海至拉萨，约8800里。虽然青藏路距离较短，但由于此路出西宁后大多地处高寒缺氧地区，人烟稀少，冬季不少地方大雪封山，绝非进藏的首选路线。
然而前线战事紧急，福康安还是决意由青藏线入藏。入藏援军不畏艰险，日夜兼程，自乾隆五十六年（1791年）十二月初一自西宁出口，于乾隆五十七年（1792年）正月二十日抵达拉萨，除去前后耽延11天外，实行39天。
而此路程，平日喇嘛等行走，往往需要花费100余日。
