在深化问题线索大起底的基础上，内蒙古自治区纪委一方面清理中央纪委交办、转办问题线索，对未办结问题线索逐一分析研究，对个别久查未结的线索采取“换人换思路”的措施，逐案推进。对中央第二巡视组在巡视内蒙古期间和巡视结束后移交的问题线索实行“优先办理、优先处置”，重点进行跟踪督办、实行月报制度。
中央第二巡视组移交问题线索已办结999件。另一方面，清理自治区纪委交办到盟市纪委、派驻纪检组及其他单位的问题线索，严格督办落实。截至2016年底，委厅机关相关纪检监察室向各盟市和派驻机构交办未结件91件，2017年交办1206件；通过前期提要求、压责任，交办未结件减少至596件。
