针对这种情况，东南亚各国已经开始加强合作。今年６月１９日，菲律宾、印尼、马来西亚三国在印尼打拉根市的一艘海军舰艇上正式启动“三边海上巡逻”，联合打击苏禄海域的恐怖主义和跨国犯罪，新加坡和文莱也受邀以观察员身份参加仪式。

６月２２日，菲印马三国外长和高官再度召开会议研究联合反恐战略以共同应对地区反恐形势，并在会后发表联合声明强调，只有通过共同的反恐战略并在安全和情报方面加强合作，才能解决该地区存在的跨国恐怖主义行为。

马拉维的胜利意味着菲律宾的反恐战争告一段落，但这并不代表菲律宾等东南亚国家可以高枕无忧，因为滋生极端主义的土壤仍然存在。

菲南部的贫穷和高失业率可能使少数人走上犯罪乃至极端道路，来自海外金主的支援又给当地极端组织提供了招兵买马的资本，这让极端主义有了生存空间。同时，缺乏强有力的边境管控则为跨国犯罪分子在这些地区作恶提供了可能。

要防止东南亚地区沦为恐怖主义肆虐之地，一方面需要各国铁腕反恐，根除来自中东地区恐怖组织的外部影响，消灭始作俑者；另一方面，还需在本地区内部铲除恐怖主义滋生的土壤，包括消除本地区的宗教与种族冲突，逐渐减少经济差距与政治隔阂等，多管齐下，标本兼治。

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