2016年9月5日，从菲律宾启程飞往老挝首都万象参加东亚峰会前，被问及如何向奥巴马解释“反毒风暴”引发的争议时，杜特尔特警告奥巴马“放尊重点”，不要在菲律宾所谓人权问题上指指点点，他甚至对奥巴马动了粗口，从而直接导致白宫次日宣布取消两人的首次会晤。9月6日，杜特尔特发表声明道歉。不过，《联合早报》报道称，杜特尔特当天在声明中也不忘强调，菲律宾会维持独立的外交政策。
早在2016年5月初，杜特尔特赢得菲总统选举后，他就于月底在透露新内阁组成人员信息时发表言论称，菲律宾不会依赖长期安全盟友美国，并要实行独立自主的外交政策，一改前任阿基诺三世一边倒的亲美路线。
在奥巴马任内，美菲领导人关系欠佳。两国不仅在禁毒、人权等问题上意见相左，在安全和防务领域，两国的传统合作也出现波折。
2016年12月15日，美国负责对外援助的机构“世纪挑战集团”基于“对菲律宾法治和公民自由的担忧”，决定将暂缓对菲后续援助。对此，杜特尔特16日作出回击，威胁称准备废除美菲1998年签署的《访问部队协定》。这一协议允许美菲举行联合军演，准许美国战舰停靠菲港口以及美军官兵上岸访问等。杜特尔特还扬言重新审查两国于2014年签署的《加强防务合作协议》。
双边关系裂而不破，难撼菲大国平衡外交政策
美国总统特朗普上台后，并未在禁毒和人权等问题上对杜特尔特提出批评，奥巴马任内一度“触礁”的美菲关系有所回升。
日本《外交学者》杂志网站2017年5月发表的评论文章写道，尽管杜特尔特一贯有批评美国的名声，但将其批评对象限定为前总统奥巴马而非现总统特朗普或许才更准确。
多方事实均可以说明，杜特尔特任内，菲律宾并未真正地与美国脱离关系。
特朗普胜选之后，杜特尔特是最先向其致电祝贺的全球领导人之一。2016年12月，杜特尔特表示，特朗普大赞他在国内展开的反毒战争是“正确的做法”。今年1月，杜特尔特派遣其安全顾问和发言人出席特朗普的宣誓就职典礼。2月，菲律宾国防部长洛伦扎纳表示，杜特尔特同意美军按照《加强防务合作协议》使用菲律宾军事基地建设军用设施。
新华社此前报道称，今年4月29日，特朗普给杜特尔特打电话，并邀请他访美。按白宫的说法，在当晚的通话中，双方还“就美菲同盟重要性展开讨论。目前，这一同盟关系正向非常积极的方向发展”。菲律宾政府4月30日说，两国元首会谈“热情”。特朗普承诺美方致力于发展两国同盟关系。
