凶手Lee Harvey Oswald 随后被警方逮捕，他被指控在同一天下午一点多射杀了一名巡警，随后被加控暗杀总统。在他被警方转送的时候，被夜总会老板Jack Leon Ruby枪杀死亡，在死前Oswald曾说“我只是一只替罪羊”。
1963年11月29日，负责调查肯尼迪遇刺的沃伦委员会成立，在10个月的调查后，他们发表长达20万字的《沃伦报告》，这份报告中称，相信Oswald是暗杀肯尼迪的凶手，属于单独作案，动机是“对一切权威根深蒂固的憎恨和对马克思共产主义的信仰”。
《沃伦报告》中指出刺杀现场只射出三颗子弹，一颗子弹射偏，一颗子弹从肯尼迪的背部射入，并从喉咙射出，继而射中康纳利州长，致命的第三颗子弹直接击中肯尼迪总统头部。但是第二颗子弹的轨迹让人质疑，一颗子弹如何先是穿透肯尼迪总统的脖颈，然后再射穿康纳利州长的胸部和手腕，最后射入州长的大腿里，共造成7处伤口，这也是《沃伦报告》中广为人知的“一颗子弹”理论。
（《沃伦报告》）
1976年众议员遇刺案特别委员会开始调查总统暗杀、马丁？路德金暗杀和阿拉巴马州长乔治？华莱士枪击案，在这份报告中，众议员遇刺案特别委员会称肯尼迪案“很可能是一场阴谋”。
肯尼迪遇刺案至今是美国一大悬案，诞生了很多阴谋论，根据公共政策民调基金会所做的调查显示，51%的美国民众认为刺杀肯尼迪是由一个秘密组织策划执行的，只有25%的人相信Lee Harvey Oswald是单独行动的。
国家档案馆秘密发布的信息包括数千份美国大众从未见过的文件，根据一项1992年法律规定，被授权于10月26日发布，旨在平息“暗杀阴谋”的说法。
特朗普其实有权阻止文件的发布，并且情报机构一直对他施加压力，要求他这样做，因为他们担心某些文件中的资料可能会损害国家安全利益。
