随着日本经济实力和国际地位的提高，美日双方更强调同盟关系。1996年4月，美国总统克林顿和日本首相桥本龙太郎发表《日美安全保障联合宣言》。2012年11月29日，美国参议院全体会议决定，在2013财年“国防授权法案”中增加一个附加条款，明确规定美国对日防卫义务的《日美安保条约》适用于钓鱼岛。
以《日美安保条约》为支撑的美日军事同盟关系，体现在军事的各个方面，包括共同的军事目的、政策协调、联合训练等，其中，军事装备是关键的一环。美军向日本自卫队提供指挥控制系统，E-2C“鹰眼”预警机，F-15J、F-16战斗机，以及“宙斯盾”驱逐舰等最先进的武器装备。
当然，美国在向日本出口武器的时候，谨守美军向盟国提供武器的界限，即确保自身领先于盟国10～15年。日本自卫队在武器装备的发展上，采取的是“跟随”加“自主”两条腿走路策略，即一方面购买美军装备，同时也自主发展。例如，日本购买美军的E-2C预警机，也自主设计、由美方生产E-767预警机；日本求购美军的F-35隐形战斗机，同时日本“三菱”公司也在研制隐形的“心神”战斗机；日本购买美军“宙斯盾”驱逐舰，也自主生产“日向”“出云”号直升机航母。
美日战略关系的中层是其主导层，这个层次的一致性，随着遏制中国崛起这一战略需求的加强，会表现得更加充分；但它无法掩盖，更无法取代的是，美日战略关系在底层的深刻矛盾和尖锐对立。
美国的“珍珠港心结”和日本的“原爆心结”
日本从江户时期幕府统治的锁国政策到开国，美国起到了先驱作用。1853年6月3日，美国东印度舰队司令、海军准将马修·佩里率领两艘蒸汽船和两艘帆船驶入日本江户湾浦贺海面，由于美国舰船舰身漆成黑色，故被日本称为“黑船来航”。佩里向日本当时的德川幕府政权提出的“考试题”是：要么开国，要么开战。
鉴于自身军力处于弱势，以及大清帝国都败于西方列强，日本德川幕府明智地选择了开国。1854年3月31日，美日签署具有划时代意义的《日美亲善条约》，随后又签署《日美条约》和《日美友好通商条约》，日本开放横滨、神户、新泻、江户、大阪等港口，承认美国享有领事裁判权等。虽然有些屈辱，但它使日本幸运地搭上了近代工业化的快车。
