不过，网联平台未来仍面临一定挑战。董希淼认为，在清算服务市场化的大趋势下，网联平台需要政府、股东、银行、市场等各方共同努力，研究合理的收费方案、利润分配机制、清算品牌、发展策略等。网联平台的商业模式清晰性、系统稳定性、交易安全性等问题也还在探索之中。
网联与银联在现阶段的关系也是市场关注的焦点。对此，相关人士表示，银联是一个典型的卡组织，负责银行卡相关的交易清算。而根据央行的批复，网联的定位是主要处理支付机构发起的涉及银行账户的网络支付的清算。网联先期将重点做好清算业务，在产业链上不会走的特别长，后续将立足自身特性，积极为国家战略、金融监管以及市场创造更多元价值。
