2016年是新三板的“监管元年”。2016年，“股转系统”颁布并实施了一系列强化市场监管的举措，主要包括以下几点：针对挂牌公司，出台最严格募集资金规定，设立企业挂牌准入负面清单，并要求创新层挂牌公司董秘持证上岗；针对主办券商，实施券商执业质量评价办法，启动券商自查；针对投资者，大范围禁止挂牌公司与私募签署对赌条款，暂停私募挂牌，并出台私募挂牌新八条；为加强自律性监管，实施《自律监管措施和纪律处分实施办法(试行)》。2016年“股转系统”共计发布了193例监管措施决定，使2016年成为新三板名副其实的“监管元年”。
国务院、证监会和“股转系统”政策
完善市场制度建设、规范市场秩序、加强自律性监管，贯穿2016年新三板市场发展的始终。国务院、证监会、“股转系统”出台的相关政策，都把完善市场制度和加强监管作为市场健康发展的前提。
国务院相关政策
2016年6月11日，国务院发布《关于大力推进大众创业万众创新若干政策措施的意见》，提出搞活金融市场，实现便捷融资，大力支持创新创业，指出新三板为重要的资本交易平台。
2016年7月18日，《中共中央国务院关于深化投融资体制改革的意见》发布，提出进一步转变政府职能，深化推进简政放权，放管结合，优化服务改革，建立和完善企业自主决策、融资渠道畅通、职能转变到位的新型投融资体制。这一意见的出台，有利于提升新三板在我国多层次资本市场中的地位，改善新三板市场的现状，形成新三板投融资市场的健康体系。
2016年8月8日，国务院印发《“十三五”国家科技创新规划》，指出要强化新三板融资功能；8月22日，国务院发布《降低实体经济企业成本工作方案》，指出完善证券交易所市场股权融资功能，规范新三板市场发展，规范发展区域性股权市场和私募股权投资基金。9月1日，国务院常务会议提到，要完善新三板市场交易机制。
2016年9月19日，国务院印发《北京加强全国科技创新中心建设总体方案》，明确北京加强全国科技创新中心建设的总体思路、发展目标、重点任务和保障措施，并要求加快国家科技金融创新中心建设。其中包括以下几点：完善创业投资引导机制，引导社会资金投入科技创新领域；建立国有资本创业投资基金制度，完善国有创投机构的激励约束机制；对包括天使投资在内的投向种子期、初创期等创新活动的投资，研究探索相关税收优惠支持政策；支持“新三板”、区域性股权市场发展，大力推动优先股、资产证券化、私募债等产品创新；开展债券品种创新，支持围绕战略性新兴产业和“双创”孵化产业通过发行债券进行低成本融资；推动互联网金融创新中心建设，在中关村国家自主创新示范区，选择符合条件的银行业金融机构，为科技创新创业企业提供股权债权相结合的融资服务方式；鼓励符合条件的银行业金融机构在依法合规、风险可控前提下，与创业投资、股权投资机构实现投贷联动，支持科技创新创业。
