《管理办法》规定，代储企业有中央储备粮储存安全存在隐患、储存中央储备粮不符合质量等级和国家标准要求等行为的，由国家粮食行政管理部门责成中国储备粮管理总公司对其限期改正。
《管理办法》规定，代储企业如有发现中央储备粮的数量、质量和储藏安全等方面的问题不及时处理，发生重大问题不及时报告；拒绝、阻挠、干涉国家粮食行政管理部门、国务院财政部门、审计机关的监督检查人员依法履行职责等行为的，由国家粮食行政管理部门责成中国储备粮管理总公司对其限期改正，并报告国家粮食行政管理部门，记入代储企业管理档案。情节严重或限期改正后仍不合格的，由国家粮食行政管理部门取消其代储资格，并由中国储备粮管理总公司负责调出其承储的中央储备粮。
《管理办法》规定，代储企业如有在中央储备粮中掺杂掺假、以次充好；挤占挪用中央储备粮贷款、套取中央储备粮差价、虚报冒领中央储备粮费用补贴；以中央储备粮对外进行担保或者清偿债务等行为的，由国家粮食行政管理部门取消其代储资格，并由中国储备粮管理总公司负责调出其承储的中央储备粮。
《管理办法》明确，从事中央储备粮代储资格审查和管理的国家工作人员违反本办法规定，给予不具备代储条件的企业中央储备粮代储资格，或者发现代储企业不再具备代储条件而不及时取消其代储资格，以及其他行为给中央储备粮代储资格管理工作造成损失的，依据《中央储备粮管理条例》和国家有关法律法规给予警告直至撤职的行政处分；情节严重的，给予降级直至开除的行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
《管理办法》明确，中国储备粮管理总公司及其分支机构违反本办法规定，选择未取得中央储备粮代储资格的企业承储中央储备粮，确定代储企业未按照规定备案，发现代储资格企业不符合要求未报告并仍选定其承储中央储备粮，或者因其他行为给中央储备粮代储资格管理工作造成损失的，由国家粮食行政管理部门责令改正；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，责成中国储备粮管理总公司给予警告直至撤职的纪律处分；情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予降级直至开除的纪律处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
《管理办法》指出，代储企业违反本办法规定造成损失的，对直接负责的主管人员给予警告直至开除的纪律处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。属于价格违法行为的，由价格主管部门依照有关规定予以处罚。
