永久基本农田的划定是国土部和农业部共同完成的。今年4月份，国务院专门发布了关于建立粮食生产功能区和重要农产品生产保护区（简称“两区”）的指导意见，对于建立“两区”进行了总体部署。建立“两区”被认为是永久基本农田划定以后，中央保障国家粮食安全所采取的又一重大决策部署。
按照国务院的任务划定，要求用3年时间划定粮食功能区9亿亩，粮食重点是稻、麦、玉米、大豆四大粮食作物；划定重要农产品生产保护区2.38亿亩，重要农产品是棉、油菜、糖料蔗和天然橡胶林。
农业部耕地质量监测保护中心副主任谢建华认为，保数量是划定“两区”的首要任务。事实上，这一点和永久基本农田的划定一致，都是将耕地的保护范围限定在一定数量之内。谢建华说，划定永久基本农田是重要的一个方面，保护提升永久基本农田的质量也是另一个重要方面。
由于“新出生”的永久性基本农田承担着耕地保护、粮食安全等任务，还具有城市规划、环境建设等特殊性作用，似乎天生应该享受特殊的保护待遇。
中国国土资源经济研究院副研究员曹端海说，长期以来，我国采取耕地占补平衡制度，强调面积总量的动态平衡。这种方式的优点在于比较灵活，一定程度上保护了耕地，对城市用地的限制性较小、弹性较大，在一定程度上符合以经济建设为中心的基本国情，但显然是不可持续的。
“一个突出的问题就是占优补劣。当前，我国经济积累总量已经达到一定水平，有关政策也理当作出相应调整。”曹端海认为，在城市周边划定永久基本农田，改变以前只注重“量”的保护，强调耕地保护的空间位置，对耕地的“质”和“量”实行双重保护，这也是生态文明建设的要求。
刘明松对经济观察报表示，国土部将完善特殊的保护政策，强调永久基本农田一经划定，任何单位和个人不得擅自占用或改变用途，确保已经划定的永久基本农田绝不能随意占用。强化土地执法监察，实行全天候监测，及时发现、制止和查处违法乱占耕地，特别是永久基本农田的行为。
今年1月，国务院印发的《关于加强耕地保护和改进占补平衡的意见》已经做出要求，永久基本农田一经划定，任何单位和个人不得擅自占用或改变用途。严禁通过擅自调整乡村土地利用总体规划，规避占用永久基本农田的审批。
经济观察报从国土部了解到，严禁占用永久基本农田的规定只有一种意外，即重大建设项目。而对于重大建设项目的范围、占地程序等问题，国土部正在研究确认标准。但一个原则是，在保证重大项目进行的同时，尽可能少占，或者不占永久基本农田。
