另外，在项目建设中鼓励多种运管模式。鼓励运营主体多元化，支持铁路企业、城市轨道交通运营企业等参与市域（郊）铁路建设和运营。鼓励有条件的城市或项目探索网运分离等模式，根据服务质量、运输距离等差异，形成多层次、差别化的票价体系。而对于实行低票价、减免票等造成的政策性亏损和铁路企业在技术改造、经营冷僻线路等方面投入，各城市可给予相应补贴补偿。初期可通过加大补贴力度引导和支持市域（郊）铁路顺利开行，后期要根据综合开发收益给予适当运营补贴支持，或通过政府购买服务等方式，实现可持续运营。
根据文件内容，未来还将建立政府投入、各类金融机构和社会资本相互支持的多层次、多元化投融资体系。鼓励社会资本全面参与市域铁路投资、建设、运营、管理等各个环节。支持通过既有铁路站场土地综合开发，盘活利用既有铁路设施，规范推进新建市域铁路站场土地综合开发。鼓励市域铁路相关企业通过物业开发、物业租赁和管理、车站和车辆商业开发等形式，构建综合开发溢价回收机制，支持市域铁路发展。
而为保障规划的落实，市域铁路发展的相关政策法规将进一步完善，深入推进简政放权，提高审批效率。并且，鼓励轨道交通装备企业加大列车研发力度，突破关键零部件及绿色智能化集成技术，建立整装的产业体系，打造具有国际竞争力的市域铁路装备产业链。
