问题与挑战
经过三年的创新建设，上海自贸区的精、广东自贸区的活、天津自贸区的实、福建自贸区的拼，都给市场留下了深刻印象，取得了预期的效果，获得了市场主体较好的反映。但是，自贸区的建设、发展与创新仍然面对一些困难与挑战。
第一是开放程度还有待提高。以外资准入的负面清单为例，禁止投资、股权限制和数量型经营限制等限制程度较高的措施占比偏高，对一些服务业部门，如金融、交通运输、快递、教育、医疗、娱乐等行业的外资准入限制也较高。同时，当前负面清单中的各项特别管理措施缺乏明确的国家和地方层面的法律法规依据描述。
第二是制度创新的实质程度和发挥效果情况需要进一步提高。目前各自贸区的制度创新中有相当的比重属于程序性的创新，比如简化程序、缩减时间等。而属于政策性或体制性的重要创新，例如国际贸易单一窗口、FT账户、人才流动制度等，数量较低，且在实际落地并发挥巨大市场效果上与预想相比仍有差距。
第三是在政策制定与执行的协调、组织与沟通上各级政府之间的关系亟待优化。中央部委须进一步向自贸区放权，支持地方先行先试和自主创新，并加强中央层面在重要议题上的部际协调，推动解决由于协调问题而出现的自贸区总体方案未能实施落地的改革内容。
自贸区2.0版
目前，已经取得一定建设成效的四个自贸区均在制订2.0版的升级规划，继续将制度创新作为中心任务，努力成为推动中国深水区改革开放的旗手与促进区域经济发展的引擎。
首先，建设2.0版自贸区要设定更高的目标。第一要为提升国家和区域全球价值链创造制度安排，着力构建自贸区的四种创新能力，即：研发、设计、品牌、总部管理能力；全球配置资源与管理要素流动性能力；全球产品供应链整合能力；与价值链高端相匹配的基础设施软硬件能力。第二要为提升国家治理体系与能力提供可复制、可推广经验，着力通过集成性改革创新，形成现代化国家政府对市场进行系统化有效管理的一整套体制，包括政策透明度机制、产权与契约机制、行政许可与市场事中事后监管机制等。第三要为适应全球商业新规则进行压力测试与为提升全球经济治理话语权提供动能，在试验基础上开展对实施国际贸易投资新规则的风险评估，从而确立保留合理监管权力的底线与红线，为国家在国际层面的谈判提供重要经验参考，并形成适应新规则改革的顶层设计。
其次，建设2.0版的中国自贸区要设定更高的标准。第一是对标多边贸易规则，包括WTO多边贸易体制下达成或正在进行谈判的一系列多边或诸边协定，如《贸易便利化协定》、《国际服务贸易协定》等。第二是对标高水平区域贸易协定中的新商业规则，包括投资、知识产权、技术标准、竞争政策、环境、电子商务等。第三是对标高质量的国际营商环境，参考国际通行的对企业投资经营不同阶段的关键指标，对自贸区的综合营商环境进行数据搜集、实地调查、诊断分析和有针对性的改善提高。第四，对标全球其他高水平自贸区，借鉴我国香港、新加坡等自由港和迪拜、鹿特丹等综合型自贸（港）区的有益经验和做法，在建设自贸区的离岸金融市场功能上，借鉴内外分离型中心（如纽约、东京）和分离渗透型中心（如新加坡）的模式与措施。
第三，将中国自贸区的工作重心回归到开放发展问题上。将自贸区作为改革创新示范区是中国自贸区的一项特殊功能，而实现货物、服务、资本、人员的自由流动并促进竞争、效率与国际经济一体化是自贸区的最本质功能。四个自贸区在深化发展中应进一步在服务贸易和服务业开放、投资便利化、外资准入、离岸贸易与金融、跨境电子商务、资本项目自由化、商务自然人流动和深层次制度融合等方面实现更大胆的制度创新与改革。通过税收激励、构建交易平台、促进转口、联运和航运、发展人民币离岸业务等途径努力增强离岸功能，提高国际区位竞争力，使沿海自贸区能够成为在东亚乃至全球集聚高级生产要素和创造高附加值产出的平台。
