针对这一问题，《意见》进一步提出了完善劳务费管理的措施。一是重申劳务费不设比例限制。二是在制度层面进一步细化规定。明确了劳务费开支范围，参与项目研究的研究生、博士后、访问学者以及项目聘用人员，均可开支劳务费；明确项目聘用人员的劳务费开支标准，参照当地科学研究和技术服务业人员平均工资水平以及在项目研究中承担的工作任务确定(比如，北京地区可达12万元/年)，项目聘用人员的社会保险补助纳入劳务费科目列支。三是要求项目主管部门尽快出台实施细则，为预算编制、评审、财务验收等提供操作规范，让科研人员在编制预算时“心中有数”，也防止评审、验收环节设定劳务费比例，确保政策在执行中 “不走样”、“不变形”。
九、项目预算是否可以调剂？是否需要报批？按什么程序报批？
在项目总预算不变的情况下，直接费用中的材料费、测试化验加工费、燃料动力费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、其他支出的预算，可由项目承担单位自行调剂；会议费/差旅费/国际合作与交流费、劳务费、专家咨询费和设备费支出预算可以调减，不得调增。
项目预算总额变化、项目承担单位变更等应当按规定程序报项目主管部门(单位)审批。
十、科研人员反映科研课题项目资金拨付存在时间滞后问题，《意见》在这方面提出了哪些措施？
从申请项目到经费下达涉及多个环节。包括项目立项申请和评审、项目预算评审、批复项目及预算、部门申请和国库拨付经费等，项目前期立项评审等工作进度直接影响资金拨付时间。
针对项目立项滞后影响资金拨付时间这一问题，科技部等相关部门结合科研工作的特点，已调整了工作机制，提前一年组织项目申报和评审，年初即可确定项目预算，为预算按时拨付奠定基础。
自2009年起，经全国人大常委会同意，在人大正式批复预算前可以预拨一部分项目资金，并据此建立了科研项目经费年初预拨机制，规定第一季度可按“二上”预算数的1/4拨付资金。《意见》根据科研活动规律和特点，继续实行部门预算批复前项目资金预拨制度，保证科研人员及时使用项目资金。
十一、科研项目结转结余如何使用？
《意见》改进了结转结余资金留用处理方式。科研项目实施期间，年度剩余资金可以结转下年继续使用。项目完成任务目标并通过验收后，结余资金按规定留归项目承担单位使用，在2年内可统筹安排用于科研活动的直接支出；2年后未使用完的，按规定收回。
十二、各单位横向经费如何管理？
项目承担单位以市场委托方式取得的横向经费，按照委托方要求或合同约定管理使用，纳入单位财务统一管理。横向经费管理，既要防止“纵向化”，避免“纵横不分”；又要防止“账外账”，确保规范、安全、有效。
十三、为适应教学科研活动规律，《意见》在完善差旅会议管理方面提出了哪些改进措施？
相关制度规定，中央级非参公管理事业单位参照中央和国家机关差旅费管理办法执行，中央事业单位参照会议费管理办法执行，同时要求相关单位结合本单位实际情况制定具体操作规定。但实际操作中，一些单位存在没有制定具体操作规定，变“参照”为“依照”的问题”。
针对上述情况，《意见》遵循教学科研活动规律，完善中央高校、科研院所差旅会议管理。中央高校、科研院所根据教学、科研和管理工作实际需要，按照实事求是、精简高效、厉行节约的原则，自行制定具体管理规定。一是差旅费方面， 合理确定教学科研人员乘坐交通工具等级和住宿费标准；对于难以取得住宿费发票的，中央高校、科研院所在确保真实性的前提下，据实报销城市间交通费，并按规定标准发放伙食补助费和市内交通费，解决无法取得发票但需要报销城市间交通费和住宿费等问题。二是会议费方面，业务性会议(如学术会议、研讨会、评审会、座谈会、答辩会等)的次数、天数、人数以及会议费开支范围、标准等，由单位自主确定。因工作需要，邀请国内外专家、学者和有关人员参加会议，对确需负担的城市间交通费、国际旅费，可在会议费等费用中列支。
