水利部在审计前开展了自查，并纠正了部分自查出的问题。对审计发现的问题7名领导干部兼职取酬95.62万元已全额退回。具体整改结果由水利部向社会公告。
住建部
13党员干部领分红劳务费73万
2000年以来，所属信息中心的13名党员领导干部在企业投资入股、兼职或兼职取酬，领取股东分红和劳务费共计73.28万元，其中2013年2.08万元；2013年1月，所属城雕委办公室的14名正式员工在企业报销个人费用22.15万元；所属建文中心有1名党员领导干部违规兼任企业董事。
对审计发现的问题，住建部正在组织整改，信息中心要求在企业拥有股份的党员领导干部一律清退股份，有关人员已停止在公司领取劳务费，退出公司股份，并办理了相关工商变更手续。
中科院
个别领导兼职领津贴106万
2009年至2013年，未经院党组批准，院本级、北京分院、沈阳分院个别领导干部在中科院所属企业兼职，领取津贴共计106.9万元，其中2013年25.2万元。
林业局
14干部兼职取酬报销个人费用
2012年至2013年，林业局14名处级以上党员干部兼职取酬、用公款报销个人费用等，涉及金额84.51万元，其中2013年49.73万元。
违规收费
卫计委
中华医学会收药企赞助8亿
卫生计生委主管的中华医学会等33个社会组织和医管所等9个所属事业单位，利用所在部门影响力，采取违规收费、未经批准开展评比表彰、有偿提供信息等方式取得收入共计177893万余元。
如2012年至2013年，中华医学会在召开的160个学术会议中，用广告展位、医生通讯录和注册信息等作为回报，以20万元至100万元价格公开标注不同等级的赞助商资格，收取医药企业赞助8.2亿元；
2012年12月至2013年12月，中华医学会未经批准违规收取资格考试复训费1965.04万元；2011年至2013年，中华医学会未将其继续医学教育部、网络信息部、所属86个专科分会申报并获批主办618个继续教育培训项目的收入11474.84万元纳入该会法定账簿核算。2011年至2013年，所属医管所将受原卫生部、卫生计生委委托收集的医院用药数据，出售给医药市场调研公司，违规取得收入3527.1万元。
基金投资
社保基金会
投资亏损近70亿元需改进
社保基金自营指数化投资的标的指数范围较窄，近年投资收益欠佳。近年来，A股市场结构日趋多元化，标的指数个数及开放式股票指数型公募基金产品市场规模均与社保基金会初始投资指数化产品时有较大差异，同时，社保基金会已具备通过购买市场上的指数化基金或通过委托投资等方式投资指数化产品的条件，但其仍以自营方式进行指数化投资。2010年到2013年，社保基金会自营指数化投资组合亏损共计69.53亿元，其中2013年亏损14.7亿元。此外，2013年底，社保基金会未按规定对6只禁售期满的转持股票计提准备，少确认减值损失103.02亿元。
针对审计发现的问题，审计署建议社保基金会应研究构建面向市场、公开透明的信托贷款项目选择程序，提高投后管理水平，明确利率调整的权限、责任和流程，探索建立存款招标制度，逐步采取委托投资的方式进行指数化投资，并建立监管分离制度，设立统一的投资信息管理平台。
审计自查
审计署
发现违规列支经费近百万
审计署当日公布了审计署2013年度预算执行情况和其他财政收支情况检查结果。据介绍，今年3月至4月，由审计署聘任的特约审计员和专业人员组成检查组，对审计署2013年度预算执行情况和其他财政收支情况进行检查。
检查发现，2013年，所属计算中心在日常公用经费和项目支出中分别列支人员经费支出19.82万元、14.69万元；培训中心在项目支出中列支日常公用经费支出62.76万元，用于弥补人员经费和日常公用经费不足。
所属计算中心2012年5月购买的价值共计15.62万元的170台传感器，未及时登记入账，于2014年2月才补记固定资产账。
审计署对于用项目经费等弥补基本支出经费缺口问题，已按要求整改，并与有关部门协商，争取在事业单位改革中统筹解决。
