《意见稿》要求检查排污许可证核发质量。省级及有核发权限的地市级生态环境主管部门组织开展排污许可证核发质量检查时，可以利用全国排污许可证管理信息平台进行逻辑筛查，重点筛查是否位于实施氮磷排放总量控制区域等“重点区域”，是否具备环境影响评价审批或者备案手续，是否符合排污许可证核发条件，是否符合排污许可证核发权限和核发程序等有关规定。
对于逻辑筛查存疑的排污许可证应当组织开展详查，主要对照排污许可证申请与核发技术规范及其审核要点，重点检查是否有淘汰落后生产工艺装备和落后产品，管控污染因子是否遗漏，执行标准是否准确，许可排放限值是否正确，无组织管理是否符合要求，环境管理要求是否全面等内容。对详查发现存在疑问的，可视情况组织技术机构开展现场核查。
《意见稿》要求开展排污许可证现场核查。生态环境主管部门组织开展持证排污单位现场核查，应当对环境选址敏感、污染排放量大、环境风险高、环境治理水平低的排污单位实施重点检查。现场核查应重点核查排污单位的实际运营情况与排污许可证相关内容的相符性，重点关注排污单位的生产工艺、污染防治设施、排放口、监测设施及采样口设置、厂区平面布置等相关信息，有相应技术能力的也可核查排污单位生产设施、主要产品及产能、原辅材料及燃料情况等内容。对于现场核查过程中发现存在问题的，生态环境主管部门应督促排污单位进行整改。对于存在环境违法行为的排污单位，生态环境主管部门应依法予以处置。
《意见稿》提出，在排污许可证有效期内，生态环境主管部门应至少开展一次排污单位环境管理台账检查。生态环境主管部门检查排污单位环境管理台账，应对照排污许可证载明要求，重点检查环境管理台账中排污单位基本信息、生产设施运行管理信息、污染治理设施运行管理信息、监测记录信息及其他环境管理信息是否完整、真实，环境管理台账与执行报告相应内容是否一致，记录频次和记录形式是否规范，是否记录非正常工况及污染治理设施异常情况等内容。
