水利部部门预算中提到了机构改革前的情况。机构改革之后，国务院三峡工程建设委员会及其办公室、国务院南水北调工程建设委员会及其办公室并入水利部。水利部2018年部门预算显示，本年一般公共预算拨款安排的“三公”经费支出8899.94万元，包括：原水利部8483.39万元，原三峡办169.89万元，原南水北调办246.66万元。同时公布的原水利部和原三峡办在“政府性基金预算支出”中均提到三峡工程。
记者注意到，财政部、国家发改委等多部门表示，财政拨款收支预算将根据机构改革情况，在执行中依法依规作相应调整。
涉及职能调整的部门也提到，根据党的十九届三中全会审议通过的《深化党和国家机构改革方案》和第十三届全国人民代表大会第一次会议审议批准的国务院机构改革方案，相关职能正在调整之中。
此次机构改革中，国家发改委的部分职能“瘦身”，组织编制主体功能区规划职责将整合并入新组建的自然资源部；应对气候变化和减排职责将整合并入新组建的生态环境部等。从收支预算来看，国家发改委2018总收支预算227508.62万，2017为211151.06万，略有增加。不过，2018年“三公”经费预算比2017年预算数减少77.71万元，主要是公务接待费有所减少。
整体职能整合 各部门须分别公开原部门预算
财政部有关负责人介绍，涉及整体职能整合的中央部门，如文化和旅游部、司法部，不再公开改革前的部门职能和机构设置，但要对机构改革以及整合后部门预算汇总情况作出说明，并分别公开原部门预算，包括8张报表，报表和重点项目情况说明(需要公开重点项目的部门)。
记者发现，重新组建的部门，一般预算中先介绍预算收支总情况，然后分别公开原部门的预算。
