周强院长在向全国人大常委会作的中期报告中也指出试点中出现了一些问题，比如有的试点地区将“认罚”与赔偿被害人经济损失简单等同起来，或将“从宽”绝对化、简单化，对案件具体情节区分不够；有的地区试点案件数量偏少、比例偏低，试点案件类型和适用程序过于集中，对普通程序中的适用问题探索不够；还有则是一些环节协调配合还不够顺畅，办案规程、工作机制尚需进一步完善等。
针对这些问题，最高法、最高检将会在接下来时间内不断推进制度建设，加强改革督察，比如对法官、检察官的自由裁量权进行监督，处理好检察院量刑建议和法院刑罚裁量的关系等。
武晓雯认为，要在已有经验的基础上，深化完善认罪认罚案件分类处理机制，探索建立有中国特色的轻罪诉讼体系，为完善刑事法律制度提供可复制、可推广的经验。
高文龙也认为要总结好试点经验，同时还要广泛向学界、实务界征求意见，同时还要让真正工作在一线的侦查人员、检察官和法官参与到制度的建设中来。
对于具体问题，学者和律师则侧重不同，王海桥希望在以后的实践中应当吸收被害人的合理诉求，认真听取被害人及其代理人意见，并将是否达成和解协议或者赔偿被害人损失、取得谅解，作为量刑的重要考虑因素，切实保障被害人合法权益，从而促进矛盾的化解。
高文龙希望继续完善法律援助的值班律师制度，对值班律师的角色进行进一步探索，让其真正发挥作用，避免让值班律师在具体的案件中流于形式。
对于检察官和法官的自由裁量权的监督，武晓雯建议探索完善认罪认罚案件的量刑标准，明确不同阶段不同程度的认罪认罚情节所适用的具体从宽幅度。
对于被告人的权利保障也值得注意。王海桥建议要确立包括权利告知、全面法律援助和反悔后程序回转在内的一系列程序机制，法院要把认罪的自愿性以及量刑问题作为法庭审理的重点；同时，要保障被告人和检察官“量刑协商”的公平性和有效性，避免检察官居于主导地位。
刘祚良则表示不仅要审查认罪认罚的自愿性、真实性和合法性，还要对主要证据进行实质审查，防止发生被迫认罪、替人顶罪、以钱赎罪等问题。
