环保部要求,切实处理好“三个关系”,即省与市地级人民政府、中央业务指导部门与地方人民政府的纵向关系；相关部门间的横向关系；《方案》与现行法律法规关系。
环保部透露,将会同有关部门,分启动、组织实施、深入落实“三阶段”来推动各地制定实施方案。就具体时间安排,环保部明确,2018年6月底前,将组建改革领导小组,明确赔偿权利人及其指定的相关部门或机构的人员和工作流程,印发本行政区域改革实施方案,进一步明确生态环境损害赔偿适用范围；2018年7月以后,积极采取措施开展生态环境损害赔偿工作,同时做好配套文件制定和实施；2020年以后,深入开展生态环境损害赔偿工作,推动有关方面制修订相关法律法规政策,进一步指导地方改革实践。
环保部指出,将会同最高法院、最高检察院、司法部等相关业务指导部门,推动解决各地在试行过程中遇到的问题,并将各地生态环境损害赔偿制度改革进展情况纳入中央环保督察范围。同时将继续完善环境损害鉴定评估技术体系,研究编制土壤和地下水、污染物性质鉴别、替代等值分析法等方面的鉴定评估技术规范。此外,还将积极推进相关立法工作,确立生态环境损害赔偿基本规则。
央广网重庆1月11日消息（记者 吴新伟）近日，重庆有两家企业因违法排放超标废水污染水环境，被法院判令连带赔偿生态环境损害费1441万余元。环保部以生态环境损害赔偿成功案例向全国推广
