争议“无根水”，让不让用、是否有毒
樊建强等人向天水市中级人民法院提交过的刑事申诉书 。
“毒豆芽”事件一经出现，随即引起社会的广泛关注。几乎同一时间，法律界、学界和业界掀起了“无根水”安全性、添加“无根水”制发豆芽是否构成犯罪以及“毒豆芽”案件适用法律等问题的大讨论。
2015年3月，中国法学会食品安全法治研究中心梳理203份“无根豆芽”判决后作出分析报告称，“无根豆芽中检测出6-苄基腺嘌呤和（或者）4-氯苯氧乙酸钠+《刑法》第144条、‘两高’解释第9条和（或者）第20条=生产、销售有毒、有害食品罪”的逻辑推理是不成立的。
最高人民法院刑二庭的一位副庭长曾谈到对“无根豆芽”案的观点称：“一般情形下，此类案件不适用刑法第144条按生产、销售有毒、有害食品罪处理。……各地法院不宜援引两高《关于办理危害食品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》第20条的规定，直接将6-苄基腺嘌呤等物质认定为有毒有害的非食品原料。理由是：不能在‘有关部门公告禁止使用的物质’和‘有毒有害物质’之间简单地画等号。”
对“毒豆芽”事件的争议核心，逐渐从“让不让用”的管理问题转到“是否有毒”的科学问题上。
多地获罪芽农从取保候审到无罪改判
2015年4月，福建芽农全尚根因添加“无根水”制发豆芽一审被判有期徒刑10年零6个月，在二审期间被法院同意取保候审。同时，山东、广东等地的多位获罪的芽农取保，“毒豆芽”案件相继出现松动。
当时有地方法院传出消息称，收到“两高”的通知“叫停豆芽案”。这被外界视为“毒豆芽”案的司法纠偏已经开始，这同时也是司法的重大进步。
2015年6月16日，辽宁省葫芦岛市连山区人民法院二审对因“毒豆芽”案获罪芽农郭某、和鲁某改判无罪。
葫芦岛市连山区法院下达的无罪判决称，“无根水”的“安全性尚不清楚，故二被告人行为应属情节显著轻微危害不大，不认为是犯罪。故对公诉机关指控二被告人的罪名，本院不予采纳。”
福建芽农全尚根的辩护律师在接受采访时表示：“这种情况下（连山区法院对“毒豆芽”案改判无罪）其他法院再认定6-苄基腺嘌呤属有毒有害物质就非常牵强。”
申诉被驳回或被告知“不予受理”
樊建强曾多次在中国法院网给大法官留言版块反映情况。
2015年7月，樊建强、郭彦学等人开始向麦积区法院提出申诉，上述有关“毒豆芽”系列案件取保或改判的案例，正是樊建强等人申诉书的重要内容。
同年11月18日，麦积区法院以“原审认定事实清楚，证据充分，适用法律及定罪量刑均无不当”，驳回樊建强等人的申诉请求。
樊建强对麦积区法院驳回申诉请求的理由表示不同意。
