二是鄱阳湖流域水环境形势不容乐观。鄱阳湖是我国第一大淡水湖，2013年至2015年，鄱阳湖水质持续下降。督察发现，鄱阳湖流域特别是鄱阳湖生态经济区内违法违规排污问题严重。景德镇乐平工业园区企业长期利用雨水沟渠偷排废水，宜春上高县工业园区多家企业长期偷排。督察组抽查21个垃圾填埋场，有13个采取简易填埋方式，其中景德镇宋家庄垃圾填埋场超期运行4年，每天400吨渗滤液仅经简易处理排入昌江河，外排废水化学需氧量严重超标；鹰潭市垃圾填埋场渗滤液处理站外排废水化学需氧量和氨氮浓度均超标。截至2016年7月，全省未建治污设施的规模化养猪场共2634家，鄱阳湖生态经济区内就有1961家。南昌市1892家规模化养猪场中，近六成未建治污设施，污水直排现象突出。
三是稀土开采生态恢复治理滞后。2013年至2015年，赣州市需完成中央财政资金支持的10个稀土矿山治理项目，无一按期完成。龙南足洞河流域废弃稀土矿一期治理项目应于2015年2月完成验收，但直到2015年9月才开始工程招标，至今未完成治理工作。
此外，赣州市对矿区水污染问题重视不够，寻乌县石排废弃矿山地质环境治理工程基本完成，但未建设相应的污水处理设施，矿区小溪氨氮和铅浓度分别超标约34倍和7倍。赣州稀土矿业有限公司作为全市唯一采矿权人，矿山生态环境治理工作严重滞后，且在未建设废水处理设施、大部分车间未批先建的情况下，赣州市违规批准其109个车间投入生产。截至督察时，已启动生产的59个车间均未建设废水处理设施，水污染问题突出。该公司环保管理粗放，现场抽查发现，其下属定南县长尾坑矿区迳背二车间母液池破损，外溢废水和矿区地表水严重超标；信丰县禾吉茶二车间母液池无防渗措施。四是环保不作为、乱作为问题突出。2015年省水利厅在鄱阳湖内批准3个采砂区，其中有6.82平方公里采砂区位于鄱阳湖银鱼产卵场省级自然保护区内。乐平市政府违反《排污费征收使用管理条例》，2012年至2014年，多次用财政资金为36家企业代缴排污费1147万元。一些地方日常监管缺失，宜春市宜丰工业园、景德镇开门子陶瓷化工集团、丰城市江西铁骑力士牧业等园区或企业长期偷排或超标排放，但各地没有查处到位。南昌市违反国家和江西省有关环境保护规定，支持江西晨鸣纸业擅自扩建二期项目，并要求市环保局为其补办环评审批手续。
新《环境保护法》实施后，在没有开展规划环评的情况下，《昌铜高速生态经济带总体规划（2015-2020年）》仍然得到批复。景德镇乐平工业园区污染严重、万年县凤巢工业园区多家化工企业偷排偷放等突出环境问题长期得不到解决，群众反映强烈。督察要求，江西省各级党委、政府要认真落实党中央、国务院要求，深入学习贯彻习近平总书记系列重要讲话精神和对江西省的指示要求，将环境质量“只能更好、不能变坏”作为地方各级党委、政府环保责任底线，强化环境保护党政同责和一岗双责。牢固树立责任意识、忧患意识，高度重视鄱阳湖水质下降、部分城市空气质量下滑、稀土矿山生态修复缓慢等环境问题。加强环境基础设施建设和运行管理，加快污水管网建设，提高污水收集处理率；提升危险废物处置能力，完善生活垃圾收集处理，规范垃圾渗滤液处置。强化执法监管，对化工园区污染、畜禽养殖废水直排、饮用水源地违法排污、自然保护区违规建设等问题加大整治力度。依法依规严肃责任追究，对督察中发现的问题，要责成有关部门进一步深入调查，厘清责任，并按有关规定严肃问责。督察强调，江西省委、省政府应根据《环境保护督察方案（试行）》要求，抓紧研究制定整改方案，在30个工作日内报送国务院。整改方案和整改落实情况要按照有关规定，及时向社会公开。督察组还对发现的问题线索进行梳理，将按有关规定向江西省委、省政府进行移交。
