首先，治理标准、力度不统一，部分码头业主意见较大。有干部坦言，少数地方热衷于做表面文章，不敢较真碰硬，没有做到应查尽查，应报尽报，应整尽整；有的是江这边取缔了，江对岸还在照样生产；上游的取缔了，下游的依然存在；个别地方非法码头相比以前生产更繁忙，问题更严重。
阳新县一位码头被取缔的业主心理很不平衡，他说：“我们是阳新县政府招商引资进来的，投资了六七千万元，现在说关就关了。江对面的很多码头都在照常生产，这样对我们很不公平。”
黄石市有关负责人说，一些非法码头投资额大、工人较多，涉及很多人的实际利益，面临巨大的维稳压力。
其次，码头审批时限长，亟须优化流程简政放权。根据有关法律法规，港口建设涉及发改、港口、航道、海事、水利、安监、环保、土地、规划、消防等十余个部门，大部分手续须在省级、国家有关部门办理。初步测算，码头从报建至建成至少需二年以上，老码头补办手续更是缺乏明确操作程序。
“修个码头谁都要管，甚至连村里都要管，哪一关通不过，码头都建不起来。”长江上游一家民营港口公司负责人告诉记者，建码头需要很多部门的批文，审批手续的目录就有两三页纸，各部门都需要评估，“我们2010年申请建设码头，5年还没有拿到可行性报告。按照程序根本办不完，只能走‘歪门邪道’。”
重拳整治：“江边住了几十年终于能看见江水了”
湖北省今年取缔了367个长江非法码头。“对于江边的非法码头，无论涉及什么单位，无论触犯了谁的利益，都要敢碰、依法治理，行动要快、力度要大、执法要严，还一片干净的长江岸线。”在武汉市武昌区余家头水厂水源保护区码头整治现场，湖北省委主要领导掷地有声地说。
始建于1980年的武汉市武昌余家头水厂，服务区内110余万人。此前毗邻水厂的武昌江滩余家头至二七长江大桥1.6公里临江段，数十年来形成了13个非法码头，部分居民搭建违法建筑、圈地种菜、饲养家禽，甚至架网捕鱼，造成这段岸线脏乱不堪、滩地生态破坏严重，威胁着水源地用水安全。
而今，记者站在临江路余家头堤上看到，原有的一个连着一个的砂堆已不见踪影，码头上的破旧房屋、装卸设备等也被全部拆除、清运一空，偌大的码头区只剩下一片平整的沙滩。有居民感叹“在江边住了几十年终于能看见江水了”。
武昌区委书记张幸平介绍说，此前政府也多次对这一区域进行环境综合整治，但由于种种利益纠葛，一直没有根本解决。“这次借助国家推进长江大保护的东风，我们下大力气整治，将工作做实做细，终于啃下了这块硬骨头。”
这是湖北省今年取缔367个长江非法码头的一个缩影。
在黄石市阳新县余家山采石场，记者看到采石场早已停止生产，江边只剩一片平整的沙地，完全看不出码头存在的痕迹。时任黄颡口镇镇长石峰说：“以前这里沿江23公里，白天基本上只有沙、灰、车辆这三类东西；晚上都是灯火，采石、运石挑灯夜战。”截至5月23日，黄石市启动自行拆除123个泊位，已基本完成拆除116个。
宜昌市自我加压，延伸治理，由长江干线延伸到清江、香溪河、黄柏河等长江支流，共排查出非法码头346家，已取缔100多家。
王阳红表示，湖北省去年11月启动长江非法码头治理，交通、公安、水利等多部门联动，列入“取缔一批”范围的非法码头已全部拆除。全省共查办各类违法犯罪案件160余起，打掉涉砂涉恶犯罪团伙4个，打击处理违法犯罪人员164人，长江湖北段实现全线艇巡。
