其次，繁忙的水上交通威胁白鱀豚的安全，航道的日益繁忙使其生活空间越来越小。船舶的噪音污染将白鱀豚的正常生活打乱，干扰了它们的声呐系统，造成白鱀豚被船舶螺旋桨打死的惨剧。在收集到的死亡白鱀豚标本中，有的头骨粉碎，有的被拦腰斩断。
第三，大规模水利工程设施建设日渐压缩白鱀豚的生存空间，破坏其栖息地，并阻断其洄游路线。前些年，湖北洪湖燕窝实施爆破清理航道，将一个拥有4名成员的白鱀豚家庭炸死，其中2头雌豚已怀孕。
此外，严重水污染破坏了白鱀豚的食物资源。王丁说，随着长江沿江工业的迅速发展和农药的大量使用，长江水质污染日益严重。一项研究表明，白鱀豚体内的有害物质含量比海豚要高得多。
屡有目击白鱀豚传闻
安徽铜陵一渔民在上世纪80年代和90年代曾参加过科研部门组织的白鱀豚考察，因此对白鱀豚特别关注。
据该渔民记录：2007年8月，铜陵一市民在长江岸边目击一神秘水生动物，并摄下影像资料，中国科院水生所专家判断为白鱀豚，但是这一发现也没有改变科学界对白鱀豚可能已经灭绝的断定；
2016年3月18日至23日，8名志愿者分乘两艘渔船在长江铜陵段用目测方法寻找白鱀豚，3月20日有3人在沙洲乡附近听到像哨音的声音，与“淇淇”的叫声非常相似，3月23日有队员发现水面掀起一阵水花，渔民根据经验判断可能是白鱀豚。
不过遗憾的是，这些目击记录都没有拿到确证。
