1979年招商局以“立足港澳、背靠国内、面向海外、多种经营、买卖结合、工商结合”为经营方针，致力于发展工业。面对香港的寸土寸金，袁庚同志在深入考察后，提出在临近香港的广东沿海建立工业区，既能利用国内较廉价的土地和劳动力，又便于利用国际的资金、先进的技术和原料。经实地勘察比较后，最终选定蛇口。
1979年1月31日，袁庚和交通部副部长彭德清向李先念、谷牧汇报在广东建立蛇口工业区的设想，当即得到批准，招商局蛇口工业区从此创立。招商局蛇口工业区是具有中国特色经济特区的雏形，第一个打开国门，对外开放，它的问世预示了中国改革开放春天的来临。
1980年3月，袁庚出任蛇口工业区建设指挥部总指挥。在计划经济体制还占据着垄断地位背景下，袁庚以敢为天下先的改革精神，带领广大的创业者，勇闯禁区，进行蛇口工业区开展全面的改革探索。
袁庚主张按经济规律办事，用经济手段去管理经济。1979年蛇口工业区在建设蛇口港顺岸码头工程中率先打破平均主义奖励办法，实行超产奖励制度。由此拉开了蛇口全面改革，特别是分配制度改革的序幕。
为了克服工程建设中要价高、质量差、工期拖延的现象，1980年蛇口工业区中瑞机械工程公司在全国最早实行工程招标，让参与投标的单位自由竞争、公平评标和参加竞标，此后工业区的基建工程项目大都采用招标方式发包，达到了质优、价平、建设速度快的成效。蛇口工业区的工程招标，在中国基建体制改革中起到了先锋和探路者的作用。
蛇口也率先在全国实行了住房制度的改革。袁庚认为，只有使职工摆脱了对企业的人身依附，自由择业才能得到保障。1981年，蛇口工业区开始进行住房制度改革，实行职工住房商品化，迈出了全国住房制度改革的第一步。住房商品化解决了职工住房的良性循环问题，职工住房通过商品化的方式能够很好的不断的推出新的住房来满足职工需要，使“住者有其屋”。
1980年3月，袁庚向中央报告关于蛇口工业区面向全国遴选人才的事宜，并建议来应聘应考的专业人才，其所在单位在其本人自愿原则下应给与支持鼓励，不应加以阻拦。1981年8月，蛇口工业区在各重点大学及各地公开招聘人才，大批专业人才汇集蛇口，适应了工业区外向型经济发展的需要。同时袁庚主张废除干部职务终身制，实行聘用制，受聘干部能上能下，能官能民，职务随时可以调整变动。每个干部的原职务、级别记入本人历史档案，在工业区工作时仅作参考，调离工业区按原职别介绍出去。1983年蛇口从首届管委会成立开始，受聘用干部接受群众的监督，每年由群众投一次信任票。干部聘任制极大地激发了蛇口发展的活力，开创了新中国人事制度改革的先河。
1981年4月，袁庚向中央提议将距离南海东部油田中心200公里的赤湾建成一个深水港和石油后勤服务基地。1982年7月，招商局以有别于全资开发蛇口工业区的模式，组成由六家中外企业合资的中国南山开发股份有限公司，开发建设赤湾，袁庚任董事长兼总经理。该公司的成立是中国改革开放以来第一家真正意义上的股份有限公司，它仅用三年时间，便在荒僻海滩上建成了初具规模的深水港区、石油后勤基地及其配套措施，为中国港口建设史上的首创之举。
1983年7月，在袁庚的推动下，蛇口工业区率先打破平均主义“大锅饭”，实行基本工资加岗位职务工资加浮动工资的工资改革方案，基本奠定了与市场经济相适应的分配制度。
