后来的改革重点逐步转向加强和改善政府宏观调控，更加注重社会管理和公共服务职能。例如，2003年改革重点解决行政管理体制中存在的突出矛盾和问题；2008年改革提出探索大部门体制；2013年改革将行政审批制度改革作为突破口。
然而，当容易改的都改完了、剩下的都是“硬骨头”时，机构改革进入了攻坚期。因此，今年机构改革将“优化协同高效”作为重点。
“今年改革在理念、范围、深度上均大大超越了以往历次机构改革。”贠杰表示，与以往政府系统为主的机构改革不同，此次改革以全面加强党的领导、实现党政融合发展为改革主线。在实践层面，不仅聚焦政府职责缺位和行政效能问题，而且高度重视党政机构重叠、职责交叉、权责脱节等问题。在组织体系方面，不仅关注部门与部门之间职权和责任优化统合问题，而且在纵向上把中央与地方职责关系的重新调整纳入改革视野，强调合理界定各层级间职能配置、赋予地方更多自主权。
总结历次国务院机构改革，李军鹏认为传达出一些基本逻辑：一是根据中国社会主义现代化建设不同阶段的发展要求，与时俱进，准确定位机构改革的目标及其重点任务。二是牢牢把握政府职能转变这个核心，积极有为地推进政府机构改革。三是牢牢把握“市场决定性作用”这一市场经济标准，不断拓展简政放权、强化监管、优化政府服务与公共服务的视野与领域。四是勇于破除利益固化藩篱，不断推进刀刃向内的政府自身改革。五是坚持发挥中央与地方两个积极性，中央出台改革的顶层设计原则方案，地方政府在改革中先行探索，不断积累经验。
机构改革过程中也积累了很多经验。比如，坚持从中国实际出发，对各阶段问题充分考虑。比如，科学定位政府职能。比如，面对问题、困难和改革障碍，特别是改革进入攻坚期和深水期时，更要全面加强党的领导。“这些都是我们进一步深化改革的法宝。”贠杰说。
