四是一些地方突出环境问题没有得到彻底解决。乌鲁木齐米东化工工业园区19家钢铁铸造企业，11家无环保手续、4家无污染治理设施。昌吉州呼图壁天山工业园区至今未按要求建成污水处理厂，园区多家企业长期将污水违法排入园区外渗坑。乌拉泊饮用水源是乌鲁木齐市主要地表饮用水水源地，但2013年以来，市政府及其发展改革、规划等部门先后批准乌拉泊污水处理厂选址并建设在该饮用水水源二级保护区，并在其内设置排污口，对水源安全带来严重威胁。

督察同时指出，新疆兵团有些师市环境保护主体责任落实不够到位，管理机制尚不健全，局部地区生态环境问题较为突出。兵团发展改革委未将伊犁黑蜂自然保护区内的煤矿列入2016至2020年煤炭产能退出清单；工信委淘汰落后产能工作不力，哈密亿乐焦化公司2台5万吨/年兰炭生产装置按要求应于2012年底前淘汰，但至今仍未淘汰到位；国土、旅游等部门2013年后仍在自然保护区内违规审批水电站、旅游等项目；林业局对自然保护区的日常管理严重缺位，对保护区大量存在违法违规项目不监管、不制止。

部分区域污染治理工作不够有力。石河子市近年来陆续建成一大批能源化工企业，区域结构性污染问题日益突出。2014年后仍违规新建36台每小时10蒸吨以下燃煤锅炉；城中村大量供暖小锅炉冬季污染问题突出。2016年全市空气优良率较上年同比下降5.8%，2017年上半年细颗粒物平均浓度同比上升30%。五家渠市近年来火电装机、电解铝产能增长较快，煤炭消耗量持续增长。2016年，全市空气优良率较上年下降10.4%，2017年上半年细颗粒物平均浓度同比上升12.5%。另外，蘑菇湖水库主要接纳石河子市生活污水和工业废水，但石河子市2015年计划建设的市污水处理厂提标改造和中水回用工程，直到督察进驻前才开工建设；城市污水收集管网不完善，每天约6万吨生活污水无法处理直排环境；市化工新材料产业园中水回用设施未能发挥作用，每天约4000吨工业废水直排水库。正是由于相关治理工作缓慢，导致蘑菇湖水库水质2013年以来持续为劣Ⅴ类。

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