克拉玛依市艾里克湖是自治区2015年批准的生态环境保护试点湖泊，但列入试点的治理工程进度滞后，底泥疏浚、围栏禁牧等9个项目至今尚未下达资金，严重影响水质改善。在入湖水量增加近1倍的情况下，湖泊水质仍由2014年Ⅴ类下降为2016年劣Ⅴ类。巴州博斯腾湖列入国家良好湖泊生态保护试点，但相关治理项目进展缓慢，博湖县、大河口景区等污水处理厂或超标排放或不正常运行，湖泊水质没有达到预期治理目标。乌鲁木齐市柴窝堡湖周边长期超采地下水，严重影响湖泊补水，导致湖面面积大幅度缩小。

2017年8月31日，中央第八环境保护督察组现场检查发现，乌鲁木齐市部分污水处理厂非法倾倒污泥侵占破坏国家级公益林。图为工作人员对污泥进行现场取样。环保部供图

三是有的地方存在损害生态环境问题。2013年以来，博州国投公司参股博艾丰生物制品公司违规在艾比湖国家级自然保护区核心区开挖沟渠，捕捞卤虫，并取得分红；博州水利局违规为博艾丰生物制品公司发放捕捞许可证，收取渔业资源增值保护费。矿山环境恢复治理滞后，全区已闭坑的矿山和政策性关闭的小煤矿、砂石粘土矿等矿山破坏面积达到2165平方公里，截至目前仅完成治理面积3.77%。吐鲁番市艾维尔沟、昌吉州硫磺沟等地滥采滥挖问题突出，生态恢复严重滞后。

另外，新疆水资源极其短缺，但对国家地下水禁采、限采要求落实不力。乌鲁木齐市米东区2016年2月被划定为地下水严重超采区，但截至2017年7月，米东区仍有91家工业企业的149眼自备水井开采地下水，大量抽取地下水导致该区域地下水位出现下降。巴州库尔勒市建成区2014年9月被划定为地下水禁采区后，到目前为止，禁采规定仍没有落到实处，2016年地下水水位较2013年最大下降2.18米，对全市生态环境构成较大威胁。

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