马国林指出：“3种（活动）恰恰是这几年很少发生的行为，而放水的7种行为恰恰是这几年多的，比如开矿这些行为，以法规的形式予以保留。”
不仅如此，在《甘肃省矿产资源勘查开采审批管理办法》里，也存在与国家相关法律不一致的情况。甘肃省国土资源厅党组书记副厅长王忠民说：“我们自己违反了国家的规定，在实验区、缓冲区设置了探矿、采矿，甚至在核心区也设置了探矿和采矿权。最为关键的问题是我们把国家的禁止改为了限制。”
不仅是省里制定的相关法规给保护区内开矿“让了路”，省里相关部门在为化解过剩产能制定方案时，也为保护区里一些煤矿的关闭“留了门”。
督察组认为，在祁连山生态环境保护方面，甘肃省从主管部门到保护区管理部门，从综合管理部门到具体审批单位，由于责任不落实，履职不到位、不作为、乱作为，监管层层失守，以致一些违法违规项目畅通无阻，自然保护区管理有关规定名存实亡。
2015年9月，环境保护部会同国家林业局就保护区生态问题，对甘肃省林业厅、张掖市政府进行公开约谈，甘肃省没有引起足够重视，约谈整治方案瞒报、漏报31个探采矿项目，生态修复和整治工作进展缓慢。截至2016年底，仍有72处生产设施未按要求清理到位。
督察组认为，在祁连山生态环境问题整改落实中，甘肃省普遍存在以文件落实整改、以会议推进工作、以批示代替检查的情况，发现问题不去抓、不去处理，或者抓了一下追责也不到位，不敢较真碰硬、怕得罪人、甚至弄虚作假、包庇纵容。
中央对祁连山生态环境保护问题专项督查过后，相关责任单位和责任人被严肃问责，甘肃省6月制定了整改落实方案。到目前为止，保护区内矿权中，143宗已经停产停工，42座水电站中，33座已建成的水电站严格按要求下泄生态流量，并建好了实时在线监控和预警监督管理系统，另外，其他生态环境整治修复工作也在进行当中。
房志表示：“自然保护区是生态保护的高压线，红线区，谁都不能动，谁都不能碰，真正保护好。我们下一步就是准备‘绿盾2017’专项行动，然后狠抓落实，敢于碰硬。”
甘肃祁连山国家级自然保护区生态环境问题具有典型性，教训十分深刻。如果经济发展了，但生态破坏了，环境恶化了，那样的小康、那样的现代化，不是人民所希望的。各地区各部门要切实引以为鉴，举一反三，把生态文明建设摆在全局工作的突出地位，既要金山银山，也要绿水青山，努力实现经济社会发展和生态环境保护协同共进。坚决把思想行动统一到党中央决策部署上来，严守政治纪律和政治规矩，坚决扛起生态文明建设的政治责任，正确处理经济发展和生态环境保护的关系，各部门要进一步转变作风，勇于担当、真抓实干，紧盯生态环境重点领域、关键问题和薄弱环节，以钉钉子的精神一项一项抓落实、一件一件抓整改，不彻底解决决不松手，务求取得实实在在的效果。任何时候都要记住，我们要“像保护眼睛一样保护生态环境，像对待生命一样对待生态环境。”
