祁连山处于甘肃青海两省交界的地方，南坡在青海省，北坡在甘肃省。1988年，成立了甘肃祁连山国家级自然保护区。过去，甘肃祁连山国家级自然保护区的界限不很明确，到2014年，国务院正式划定了甘肃祁连山国家级自然保护区核心区、缓冲区、实验区的界限。
但是，近几年来，甘肃省并没有严格执行这一法律规定。2017年初，中央电视台记者深入祁连山腹地调查，发现了这里环境被破坏的情况。
为了尽快扭转这种违法破坏生态环境的局面，2017年的2月，中央决定由党中央、国务院有关部门组成中央督查组再次进驻祁连山，进行了20天的专项督查。通过督查组调查核实，保护区内有144宗采矿、探矿项目，其中有14宗是在2014年国务院明确保护区划界以后违法违规审批延续的，涉及核心区3宗，缓冲区4宗，造成保护区局部植被破坏、水土流失，地表塌陷。同时，当地在祁连山区域黑河、石羊河、疏勒河等流域高强度开发水电项目，共建有150多座水电站，其中42座位于保护区内，存在违规审批、未批先建、手续不全等问题，因水电站在设计、建设、运行中对生态流量考虑不足，导致下游河段出现减水甚至断流现象，水生态系统遭到严重破坏。此外，周边部分企业环保投入严重不足，污染治理设施缺乏，偷排偷放现象屡禁不止。这次督查还重点对生态环境破坏背后的原因进行了深入分析，对相关单位、人员的责任进行了调查取证。
祁连山的生态位置如此重要，当地为何还要不惜以破坏生态环境为代价，违法违规审批运行这些项目呢？甘肃省人民政府副秘书长王向晨说：“我们甘肃省是一个欠发达的省份，经济增长对矿产、水电等资源的开发依赖程度比较高。生态环境保护，有向经济发展让路的倾向。体现在我们的监管上，必然会导致失之以宽、失之以软。”
督察组认为，这些问题的产生，虽然有体制、机制、政策方面的原因，但根子上还是甘肃省及有关市县思想认识有偏差，不作为、不担当、不碰硬，在贯彻党中央决策部署上作选择、搞变通、打折扣，没有真正抓好落实。
督察组认为，甘肃省有关方面对中央确定的“五位一体”总体布局和新发展理念认识不深刻，片面追求经济增长和眼前的利益，在立法层面存在为破坏生态行为“放水”的问题。例如：《甘肃祁连山国家级自然保护区管理条例》历经三次修正，部分规定始终与《中华人民共和国自然保护区条例》不一致。国家的自然保护区条例规定“禁止在自然保护区内进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖沙”等10类活动，而在《甘肃省祁连山国家级自然保护区条例》中，却缩减为“禁止进行狩猎、垦荒、烧荒”等3类活动。
