多个信息源证实，魏鹏远的落马，源于最高人民检察院接到的一个线索。
2013年10月，最高检接到举报线索称，云南某煤电公司总经理刘某在煤炭项目审批过程中，曾向时任国家能源局煤炭司副司长魏鹏远行贿20万元。该案被指定给河北省保定市检察院侦办。
经过数月的调查和取证后，2014年4月2日，在最高检的直接指挥下，魏鹏远专案组来到国家能源局，对魏实施了控制。
魏鹏远以国家能源局煤炭司副司长身份最后一次公开亮相，是在2014年1月10日，他到山东兖矿集团调研。
在前期侦查中，魏鹏远案专案组了解到，在北京富力城，魏有一套房产，但发现其并未居住或出租。
2014年4月17日凌晨，专案组打开这间房屋进行清查，发现偌大的房间内，只放了一张大床。专案组侦查员掀开床垫后，惊讶地发现床下面堆满了一个个缠着胶带的纸箱。打开纸箱后，在场的人目瞪口呆，发现这些箱子里面个个装满了还贴着银行封条的现金。
此外，专案组还在房间壁柜和储物间内查获多个拉杆箱及手提袋，里面装的也全都是现金，除了人民币外，还有欧元、美元、港币和英镑等。
据办案人员介绍，天亮后，专案组协调银行十多名工作人员带着五台点钞机，赶赴现场参与清点，经过14个小时的不间断工作，共清点出现金人民币1.348亿元、819.55万欧元、382.49万美元、189万港币、1.6万英镑，按当天的汇率中间价计算，起获的现金折合人民币2亿多元。
“由于长时间不间断工作，其中一台点钞机，被当场烧坏。”一名办案人员回忆称。
据专案组介绍，为了查清这些钱的来源，400多名办案人员先后奔赴27个省（市、自治区），走访1000多家机关企业、金融机构，历时近1年，最终查证属实的犯罪线索240个，并查清了魏鹏远位于北京、海南等地的多套房产。
调查魏鹏远的检察官还对央视透露称，魏有一辆奥迪车，只是他从来都不停放在单位，在奥迪车的后备厢，侦查员发现里面装有2万欧元和30万元人民币。
视频截图：2014年10月，检察机关在魏鹏远的一处房子里搜出2亿多元的现金。
表里双面
多位与魏鹏远有过接触的知情者告诉《中国新闻周刊》，魏鹏远工作勤勤恳恳，经常加班加点，处事谨慎低调，而且极其简朴。这样的印象很难让人与其亿元贪官的实情联系在一起。
在国家能源局煤炭司原副司长任上，他留给同事们的印象是，不仅穿着朴素，而且经常骑着一辆折叠自行车上下班。
李青回忆称，大学毕业后，魏鹏远刚到煤炭工业部北京规划设计院工作时，就穿着一身破旧衣服。“当时都改革开放了，大家又都是年轻人，很多人开始追求时髦。但是魏鹏远却土气得很，而且人非常老实，有些沉默寡言，不过待人比较谦和。”
一位接近国家能源局且与魏鹏远有过多次直接接触的知情者江山（化名）告诉《中国新闻周刊》，他从2003年前后就认识魏鹏远，魏留给他的印象是“话不多，不善辞令，还经常穿着一身皱巴巴的衣服开会或出席一些活动”。
“他做副司长那几年，煤炭价格行情不错。那时，不管是民营煤老板还是国有煤企的高管大都衣着光鲜，而魏鹏远穿着打扮从不讲究。”江山说。
看到魏鹏远落马、家里还搜出两个亿现金的新闻时，江山有些吃惊。“这个小子胆子怎么这么大？”
