1993年，王晓东离开工作了十年的江西，调任贵州省委办公厅正处级秘书，次年升任贵州省委副秘书长。此后，历任贵州省委秘书长、办公厅主任等职，于2000年年满40岁时，进入贵州省委领导班子，任贵州省委常委、贵阳市委书记，成为省部级官员。
成为副省级官员后，王晓东主政贵阳近八年，一直担任贵阳市委书记一职，之后又当了4年贵州省副省长，于2011年底离开贵州，调任湖北省委常委、省政府党组副书记，2012年初出任湖北副省长。
入鄂不久，王晓东就开始担任湖北常务副省长。今年4月，张昌尔卸任湖北省委政法委书记(调任湖北省政协主席)，王晓东接棒，从此身兼湖北省委副书记、省委政法委书记、常务副省长等三个副省级职务，直到4个多月后，走上湖北代省长岗位。
尽管在副省级岗位上干了16年，历任贵州、湖北两省的副省长，可王晓东一向低调，除了公务活动信息，关于他的公开报道很少。不过，2000年至2007年主政贵阳时，当地媒体曾做过专访，从中可以看出王晓东的执政思路。
当年，贵州曾作出“建设贵阳城市经济圈、实施省城龙头辐射带动战略”的决策，王晓东就此接受专访时表示：多做广大人民群众受益的事，多做打基础、管长远的事;不做急功近利的事，不搞不切实际、劳民伤财的“形象工程”、“政绩工程”，使各项决策、各项工作都经得起群众、实践和历史的检验。
据当地媒体报道，初到贵阳时，王晓东常常下乡住在农民家里。有一次在乡下住了一周，回到市里，发现印度总统下台了都不知道，因为老乡家没电视。王晓东因此下决心，解决农民家通电网的问题。
图为2008年，担任贵州常务副省长的王晓东调研农村危房改造。
7年多后，他卸任贵阳市委书记时，电视和电话几乎进入了贵阳市的每个农户家中。
王晓东曾表示，“要说我的个性特点啊，那就是看准的事不轻易放弃。很多工作是会遇到阻力的，但是我会一直不断地去推动。今天推不动，过几天再推。”
