14世纪中叶东察合台汗国时期，统治者以战争等强制手段，将伊斯兰教逐渐推行到塔里木盆地北缘、吐鲁番盆地和哈密一带。至16世纪初，新疆形成了以伊斯兰教为主要宗教、多种宗教并存的格局，原来当地居民信仰的祆教、摩尼教、景教等逐渐消失，佛教、道教仍然存在。17世纪初，卫拉特蒙古人接受了藏传佛教。约自18世纪始，基督教、天主教、东正教相继传入新疆。新疆以伊斯兰教为主要宗教、多种宗教并存的格局延续至今。
新疆的宗教历史表明：一教或两教为主、多教并存是新疆宗教历史的基本特点，交融共存是新疆宗教关系的主流；宗教必须与其所处时代和人文环境相适应，实现本土化，才能得以延续；不同宗教间的战争和同一宗教不同教派的纷争，致使人们没有自由选择宗教信仰的权利。
二、保障公民宗教信仰自由权利
尊重和保护宗教信仰自由是中国政府一项长期的基本国策。《中华人民共和国宪法》明确规定：“中华人民共和国公民有宗教信仰自由”“任何国家机关、社会团体和个人不得强制公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧视信仰宗教的公民和不信仰宗教的公民”“国家保护正常的宗教活动。任何人不得利用宗教进行破坏社会秩序、损害公民身体健康、妨碍国家教育制度的活动”。
中华人民共和国国务院颁布的《宗教事务条例》和新疆制定的《新疆维吾尔自治区宗教事务条例》，体现了“公民有宗教信仰自由”“国家保护正常的宗教活动”的宪法精神，信仰宗教或不信仰宗教，完全由公民自主选择，任何组织和个人不得强制公民信仰宗教或不信仰宗教，不得歧视信仰宗教的公民或不信仰宗教的公民。没有公民因信仰宗教或不信仰宗教而受到歧视和不公正待遇。新疆的相关法规规章，对宗教团体、宗教活动场所、宗教教职人员、宗教活动、宗教财产等作出了规定。公民宗教信仰自由权利与公民义务相统一，公民无论是否信仰宗教，都必须履行宪法和法律规定的义务。侵犯公民宗教信仰自由权利要承担相应的法律责任。
法律保护正常的宗教活动。公民在宗教活动场所内以及按照宗教习惯在自己家里进行的一切正常的宗教活动，如礼拜、封斋、拜佛、祈祷、讲经、讲道、诵经、烧香、弥撒、受洗、受戒、终傅、追思、过宗教节日等，都由宗教团体和公民自理，受法律保护，任何组织和个人不得加以干涉。为保障顺利完成朝觐功课，新疆实行有组织、有计划的朝觐政策。自1996年以来，每年安排包机组织信教群众前往沙特阿拉伯麦加朝觐，政府对朝觐人员的医疗、翻译等给予资助，并做好随团服务保障，确保朝觐活动安全有序。
充分尊重信教公民的宗教感情、信仰需求。斋月期间，清真餐馆歇业或开业完全由业主自行决定，不受干涉。有吃斋饭传统的清真寺和一些信教公民免费为封斋者提供开斋饭。各地加强服务保障，确保斋月期间各项宗教活动有序进行。2015年7月3日正值斋月，和田地区发生6.5级地震，政府在积极做好救援安置工作的同时，及时搭建临时宗教活动场所，保障灾区信教公民礼拜、封斋等正常宗教生活。17日晚（开斋节前夜），新疆主要领导与伊斯兰教界人士、各族穆斯林群众代表共进开斋饭，共迎开斋节，受到社会各界广泛关注和好评。
信教公民的习俗得到充分尊重。《中华人民共和国民族区域自治法》《中华人民共和国刑法》《中华人民共和国民法通则》《中华人民共和国教育法》《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国广告法》和《新疆维吾尔自治区清真食品管理条例》《新疆维吾尔自治区民族团结进步工作条例》等一系列法律法规，对保护信教公民习俗作出了具体规定，如清真食品的生产、加工、储运和销售，特需食品供应，清真饭馆、清真食堂开设等。各族人民在春节、古尔邦节、肉孜节等重大传统节日，都能享受到法定的节日假期和特需食品的供应。为有土葬习俗的少数民族划拨公墓专用土地。对带有宗教色彩的传统习俗，如起名、站礼、送葬、过乃孜尔等，予以尊重。
