“新华每日电讯”在4月1日的报道中称，一般说来科研经费直接与课题项目挂钩。一项课题的经费从几千元到几百万元不等，一些国家、国际重点课题，立项之后经费更是源源不断。立项单位的钱是放出去了，至于项目负责人何时花、怎么花，基本上不闻不问，更奢谈监督检查。只是在结题审查上，看看发表了多少论文、有没有核心期刊的、缺不缺专家鉴定等。这就导致了课题责任人实地调研能少就少，科学实验能取消就取消，从而造就了“结余大量经费”、可以啃“唐僧肉”的土壤。
当然，不能忽视的还有科研工作者本身法律意识的淡漠。北京市海淀区人民检察院检察官张小兵感慨，一些涉及科研腐败的教授“根本没想到这是严重的犯罪行为，只有走上法庭时才追悔莫及。那些不是有意贪污侵占的教授，如果早接受一些警示教育，肯定不会这么干了。”
如何有效遏制科研经费腐败，让“好钢用在刀刃上”？北京市海淀区人民检察院检察官杨秋波认为，首先还得立好规矩、定好制度。我国目前还没有一部关于科研项目立项、审批、经费使用、监管责任的系统法律。立法的缺失，直接导致科研项目管理的混乱，呈现出“政出多门、各自为政”的局面。而管理制度的不统一造成不同科研单位管理规定不协调甚至冲突。
媒体评论员吴龙贵指出，治理科研经费腐败，一是要放权，即改革学术体制，打破行政主导科研资源分配的模式，实行学术本位管理。二是要收权，即加强对科研经费的监管，完善管理体制，使每一笔科研经费的审批和使用情况都明明白白。三是改变当下科研成果的评价机制，由重量转为重质。
10月26日，科技部部长万钢表示，科技部将建设一个向全社会开放的国家科技报告制度和创新调查制度。对于科研经费项目，反对多头部署、重复支持，“科研经费管理要置于全社会监督之下”。
