木兰陂展现了古人治水的决心和智慧，却没能让莆田人民就此告别洪水的袭扰。

1952年至1990年，木兰溪平均每10年发生一次大洪水，每4年发生一次中洪水，小灾几乎年年有。

木兰溪防洪问题，也牵动着当时正在福建工作的习近平同志的心。1994年起，福建省委和省政府沿海岸线组织开展“千里海堤”建设，习近平同志主管全省农林水工作，木兰溪治理的报告摆上他的案头。

木兰溪是软基河道，弯多且急，冲刷剧烈。要建设一道能抗御30年一遇洪水的堤防，工程技术上必须“裁弯取直”,但是这会给水系生态带来一定影响，为此多个裁弯方案在当时争持不下，难以定论。

习近平同志对此给出的意见是一定要“科学治水”，既要治理好水患，也要注重生态保护；既要实现水安全，也要实现综合治理。到底如何决策，还要听取水利专家的意见。

1999年4月1日，在基层调研的习近平同志了解到福州正在举行一场全国水利系统的学术会议，便让莆田市的同志到会上“找更权威的水利专家，帮忙共同攻克难题”。

时任南京水利科学研究院院长、中国工程院院士窦国仁和妻子联袂接受了这一课题，并在南京水科院建立起国内首个“软基河道筑堤”物理模型。

然而，还没等到正式开工，1999年10月中旬一场台风过境，又让木兰溪转瞬成灾：全流域近6万间房屋倒塌、45万亩农田被淹，近3万群众转宿他居、2万学生被迫停课……

10月17日，时任福建省委副书记、代省长的习近平同志赶赴莆田指导救灾。面对当地干部群众，他语气十分凝重：“是考虑彻底根治木兰溪水患的时候了！”

在习近平同志的关心下，由国内水利权威专家为木兰溪治理设计的全国首个物理模型在木兰溪张镇段进行试验。同年12月14日，习近平同志来到木兰溪调研试验结果，确定成果可行，已具备开工条件。此行，习近平同志还亲手在蒲坂小学种下了一棵榕树。

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