摆在当时莆田市委市政府面前的是一个又一个难题：技术需要突破、缺少资金、拆迁困难，以及不断出现的反对声。

叶家松说：“带着这些问题当时向习书记（时任福建省委副书记）做了一次汇报，习书记听完汇报以后说，水利工程要慎重，要科学论证，要比选方案，要千方百计地筹措资金，这个工程是造福人民的，你也要发动人民的力量，群众的力量，你去莆田就要有这种担当精神。”

这一次汇报坚定了莆田市委市政府治理木兰溪的决心，但面临的最大困难，还是技术问题。1996年，福建省水利规划院已经就木兰溪防洪工程做出了新一轮可行性研究，包括施工设计方案，但争议仍然很大。

时任福建省水利水电厅厅长汤金华说：“近平同志关注重视木兰溪工程，一旦有机会他就联系到一起。1999年4月上旬，近平同志给我电话，他说现在福州开一个全国性的水利技术方面的会议，其中有一个南京水科院的，也是中科院院士窦国仁同志在这个会上。”

按照习近平的指示，时任福建省水利水电厅厅长汤金华立即与窦国仁院士取得了联系。南京水利科学研究院是我国综合性水利科学研究机构，承担了国内众多的具有前瞻性、基础性和关键性的科学研究任务。窦国仁院士是泥沙及河流动力学专家，曾经为葛洲坝、长江三峡、黄河小浪底等重大工程的兴建提供科学依据。

窦国仁院士在实验室构筑了木兰溪全流域的物理模型，包括地质土壤结构、地形海拔落差、弯弯曲曲的河道等等，都与木兰溪完全一致。在这样的前提下，开展了大量的物理模型试验，提出仅仅通过裁弯取直，并不能有效解决木兰溪防洪问题。遇到20年一遇的洪水，就会面临漫滩的危险，只有全流域上中下游分段进行治理，才能根治水患，这就为日后木兰溪一二三期防洪工程提供了科学依据。

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