1988年4月，在七届全国人大一次会议上被任命为国务院总理。他坚决贯彻治理整顿和深化改革的方针，探索对国民经济进行宏观调控的新手段和新方法，推动我国经济摆脱困境、进入新的发展时期。1989年春夏之交的政治风波中，在以邓小平同志为代表的老一辈无产阶级革命家坚决支持下，李鹏同志旗帜鲜明，和中央政治局大多数同志一道，采取果断措施制止动乱，平息反革命暴乱，稳定了国内局势，在这场关系党和国家前途命运的重大斗争中发挥了重要作用。

1989年6月中共十三届四中全会后，作为以江泽民同志为核心的中央领导集体的重要成员，李鹏同志高举邓小平理论和“三个代表”重要思想伟大旗帜，深入贯彻党的十一届三中全会以来的路线方针政策，为党和国家事业发展殚精竭虑。1992年10月，李鹏同志在中共十四届一中全会上再次当选为中央政治局委员、常委。1993年3月，在八届全国人大一次会议上，他再次被任命为国务院总理。邓小平同志发表南方谈话后，他积极支持、宣传和贯彻邓小平同志改革开放的思想主张，坚决贯彻党的十四大精神，加快社会主义市场经济体制改革步伐，扩大对外开放，加强和改善宏观调控，在党中央领导下主持制定“九五”计划，布局建设一批国家重大项目，推动国民经济持续快速健康发展。

1997年9月，李鹏同志在中共十五届一中全会上又一次当选为中央政治局委员、常委。1998年3月，在九届全国人大一次会议上，他当选为全国人民代表大会常务委员会委员长。

到中央工作后，李鹏同志兼任国家教育委员会主任、国务院环境保护委员会主任、中央专委会主任、国家科技领导小组组长、中央外事工作领导小组组长等，在科技、教育、环保、外交和国防工业等领域倾注了大量心血。他贯彻“科学技术是第一生产力”思想和优先发展教育战略，大力推进科技体制、教育体制改革，认真落实知识分子政策，提高了国家整体科技实力，为改革开放各条战线输送了大批人才。

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