新疆地区历来是多种宗教并存的地区。在原始社会，新疆地区的居民就产生了原始宗教观念，并逐步形成了萨满教。公元前4世纪以前，新疆地区流行的是原始宗教。从公元前4世纪起，盛行于东西方的一些宗教沿着丝绸之路陆续传入新疆地区。最先传入的是祆教。大约在公元前1世纪，佛教传入新疆地区，逐渐成为占主导地位的宗教，形成以佛教为主、多种宗教并存格局，并先后形成了于阗、疏勒、龟兹、高昌等著名佛教中心。公元4世纪至10世纪，佛教进入鼎盛时期。同期，祆教流行于新疆各地，吐鲁番地区尤为盛行。5世纪前后，道教传入新疆，主要盛行于吐鲁番、哈密等地，至清代传播到新疆大部分地区并一度复兴。6世纪，摩尼教和景教（基督教聂斯脱利派）相继传入新疆。10世纪至14世纪，景教随着许多地方回鹘等民族改信而逐步兴盛。9世纪末10世纪初，伊斯兰教传入新疆南部，新疆原有宗教格局再次发生变化。喀喇汗王朝在接受伊斯兰教后，于10世纪中叶向信仰佛教的于阗王国发动了40余年的宗教战争，11世纪初攻灭于阗，将伊斯兰教强制推行到这一地区，形成了南疆以伊斯兰教为主、北疆以佛教为主，伊斯兰教与佛教并立的格局。14世纪中叶，东察合台汗国统治者以战争等强制手段，将伊斯兰教逐渐推行到塔里木盆地北缘、吐鲁番盆地和哈密一带。至16世纪初，新疆地区形成了以伊斯兰教为主、多种宗教并存的格局。18世纪开始，基督教、天主教、东正教相继传入新疆地区。以伊斯兰教为主、多种宗教并存的格局一直延续至今。由此可见，一教或两教为主、多教并存是新疆宗教格局的历史特点，交融共存是新疆宗教关系的主流。伊斯兰教既不是维吾尔族等民族天生信仰的宗教，也不是其唯一信仰的宗教。直到今天，仍有不少群众不信仰宗教或信仰其他宗教。
