据不完全统计，该设施调试运行3年多来，已直接支撑了近400项国家级课题研究，产出了300余篇《细胞》《自然》《科学》等国际权威杂志的高水平科学论文、100余项发明专利和软件著作权，汇聚并培养了120名国家杰出青年基金、千人计划、万人领军、长江学者等高等级人才，我国蛋白质科学领域的科技创新能力、人才培养水平和国际竞争力得到显著提升。
国家验收委员会专家认为，蛋白质科学研究（北京）国家重大科技基础设施的各项指标均达到或优于国家发改委批复的设计指标，建成了整体水平国际一流、综合技术能力全球首屈一指的蛋白质科学研究平台。该
设施的建成和运行，将进一步巩固和拓展我国在蛋白质组学、结构生物学等学术领域的国际引领地位，为生物医药领域重大原创性成果的产生提供强有力的硬支撑，助推北京全国科技创新中心建设和生物医药产业升级，并为我国持续领导生命科学领域国际大科学计划奠定坚实的基础。
项目首席科学家贺福初院士和王志新院士表示，以蛋白质组学、结构生物学为牵引的蛋白质科学是当今两大巅峰科技——生物科技与信息科技汇聚而成的交叉学科，在现代科技体系中居于重要地位，是未来科技的战略制高点。设施运行后，将进一步凝聚蛋白质科学研究平台的技术力量，积极探索军民融合、科教融合、整体协同、开放共享的运行管理机制，构建“学、研、产、用”四位一体、引领国际蛋白质科学发展的研发重镇，努力建设成为国际生命科学领域高端人才的集聚和培养平台、国际生命科学重大发现的发射塔、国际化生命科学大数据中心、蛋白质组学驱动的精准医学（PDPM）的全球策源地，共同打造生物经济时代的全球首个“碳氮谷”。同时，为构筑国家生物安全盾牌、巩固国家生物疆域、保障军民健康发挥不可替代的重大作用。
位于国家蛋白质科学中心（北京）的蛋白质组学生物质谱平台。熊垒摄
位于清华大学的冷冻电子显微学分系统。（作者提供）
位于中科院生物物理所的蛋白质组学技术实验室。（作者提供）
