探明水稻起源
通过对大量重要进化基因的分析，该研究首次提出了籼、粳亚种的独立多起源假说，使中国源远流长的稻作文化得到正确认识和传承
早在我国2000多年前的汉代，亚洲栽培水稻中“籼”“粳”两大亚种已被人们所认知。然而，籼、粳稻的起源和命名在国际上一直存有争议。日本学者加藤茂范于1928年将“籼”“粳”称为indica和japonica，并一直沿用至今。实际上，这两个名字分别是拉丁语中“印度”和“日本”的意思，这错误地反映了籼、粳的亲缘关系、地理分布和起源。我国老一辈著名水稻专家丁颖先生把籼稻定名为籼亚种，粳稻定名为粳亚种。
对此，“3010份亚洲栽培稻基因组研究”通过对大量重要进化相关基因的单倍型和泛基因组分析发现，籼稻携带的很多基因不存在于粳稻中，粳稻的很多基因也不存在于籼稻中。此外，不同地理来源的水稻农家品种群体都带有特异的基因家族。根据这些结果，该研究首次提出了籼、粳亚种的独立多起源假说，并建议恢复使用籼、粳亚种的正确命名，使中国源远流长的稻作文化得到正确认识和传承。
我国小麦基因组学专家张学勇研究员评价认为，籼稻和粳稻是中性的名词，不带有明显地域性，这应该是全世界搞水稻、搞农业的科学家都愿意接受的。
此外，这一研究对亚洲栽培稻群体的结构和分化进行了更为细致准确的描述和划分，由传统的5个群体增加到9个，分别是东亚（中国）的籼稻、南亚的籼稻、东南亚的籼稻和现代籼稻品种等4个籼稻群体；东南亚的温带粳稻、热带粳稻、亚热带粳稻等3个粳稻群体；以及来自印度和孟加拉的Aus和香稻。
为水稻基因贴“标签”
该成果将极大推进水稻功能基因组和育种科学，科学家据此可以找到某个性状的缺失具体是哪里出现了问题，最终精准设计出水稻新品种
