多功能相控阵雷达虽然有着诸多的优点，但与其他武器装备一样，有其利也有其弊。从造价上来说，相控阵雷达的造价普遍偏高，往往是普通雷达的数十倍乃至数百倍，这使得多功能相控阵雷达一般只能装备在一些高端主战舰艇上；从适装舰艇方面来说，由于多功能相控阵雷达的重量一般较重而体积较大，故此，只能装备于大型舰艇上。从能耗上来说，多功能相控阵雷达的功率较大，长时间开机对舰艇上宝贵的能源资源耗费厉害。在性能上，多功能相控阵雷达也有一些不足之处，如对杂波特别是海杂波抑制能力不足、探测隐身目标能力不足、在对抗自卫式噪声干扰能力不足、探测低空及掠海目标能力不足、在强杂波背景时性能下降等。
舰载多功能相控阵雷达具备同时完成多种任务的能力，但其总的时间能量资源是固定的。在强杂波和干扰背景下，造成雷达波束在每个波位的驻留时间增加，能达到正常情况的数倍，为了保持对目标的检测概率需要采用多脉冲工作方式，以致消耗的时间资源成倍增加，雷达的数据率、跟踪目标批次数等性能都将有明显下降。
当采用集能“烧穿”工作方式对付隐身目标或自卫式干扰时，消耗的时间能量资源将更为可观。这将造成其整体性能的显著下降，搜索数据率和跟踪目标容量都将明显恶化。此时，需要利用舰载其他传感器的工作以降低多功能相控阵雷达的工作负荷，从而保证相控阵雷达在重点方向和高威胁等级的目标上有足够的资源去遂行警戒、跟踪和制导等任务。
舰载多功能相控阵雷达具有突出的性能和优异的指标，故而被各国海军争相发展，多功能相控阵雷达正在成为世界海军强国的标准配置。但是，多功能相控阵雷达也不是万能的，同样存在自身的不足。随着相控阵体制技术的发展，其自身的不足也将被逐渐克服。而合理使用多功能相控阵雷达，发挥其优势、避开其不足才能实现最大的作战效能。
